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經曆了八國聯軍侵華的慘敗後，慈禧終於意識到，大清王朝若不進行改革，遲早會走向滅亡。光緒二十七年（1901年），慈禧下令實行“清末新政”，頒布了一係列改革詔令，涉及政治、經濟、軍事、教育等各個方麵。與戊戌變法相比，清末新政的改革措施更加全麵、深入，比如廢除科舉製度、建立新式學堂、編練新軍、改革官製等。但此時的清政府已經腐朽不堪，這些改革措施並沒有起到挽救王朝命運的作用，反而加速了清政府的滅亡。
在推行清末新政的同時，慈禧也在加緊鞏固自己的權力。她大力扶持袁世凱等新軍將領，試圖通過控製新軍來維持自己的統治。但她萬萬沒有想到，袁世凱後來會成為推翻清政府的關鍵人物。光緒三十四年（1908年），光緒帝在瀛台病逝，年僅38歲。光緒帝的死因，也一直是一個謎。有史料記載，光緒帝是被慈禧下毒害死的，因為慈禧擔心自己死後，光緒帝會重新掌權，清算自己的罪行。
光緒帝病逝後，慈禧立醇親王載灃的兒子溥儀為帝，即宣統帝。溥儀當時年僅3歲，由載灃擔任攝政王。做完這一切後，慈禧的身體也走到了儘頭。光緒三十四年十月二十二日（1908年11月15日），慈禧病逝於中南海儀鸞殿，享年74歲。她在臨終前留下遺詔：“此後，女人不可預聞國政。此與本朝家法相違，必須嚴加限製。尤須嚴防，不得令太監擅權。明末之事，可為殷鑒。”這一遺詔，與她一生的所作所為形成了鮮明的對比，充滿了諷刺意味。
慈禧死後，葬於河北遵化的定東陵。她的陵墓修建得富麗堂皇，耗費了大量的財力物力。但即便如此，她也未能安息。1928年，軍閥孫殿英以“軍事演習”為名，盜掘了定東陵，將陵墓內的金銀珠寶洗劫一空，慈禧的遺體也遭到了嚴重的破壞。這位權傾朝野半個世紀的女性，最終落得個屍骨無存的下場。
縱觀慈禧的一生，她是一個極其複雜的曆史人物。她既有過人的政治智慧和手腕，能夠在男性主導的封建王朝中脫穎而出，掌控權力長達半個世紀；又有奢侈、專斷、殘酷的一麵，為了維護自己的權力，不惜犧牲國家利益，導致大清王朝一步步走向滅亡。她的一生，見證了大清王朝的衰落與滅亡，也折射出中國近代社會的苦難與掙紮。
在慈禧的統治期間，中國社會發生了巨大的變化。西方列強的侵略、農民起義的衝擊、資產階級改革與革命的浪潮，都在不斷地衝擊著清王朝的統治根基。慈禧作為清王朝的實際統治者，她的每一個決策，都深刻地影響著中國的曆史進程。她支持洋務運動，推動了中國近代化的進程；但她又反對戊戌變法，阻礙了中國社會的進步。她利用義和團對抗列強，卻又在列強的壓力下鎮壓義和團；她推行清末新政，卻又始終不願放棄自己的權力。她的矛盾與掙紮，正是清王朝腐朽本質的真實寫照。
如今，距離慈禧去世已經過去了一個多世紀。對於這位曆史人物，人們的評價始終褒貶不一。有人說她是“亡國之君”，是導致中國近代落後的罪魁禍首；也有人說她是“亂世梟雄”，在複雜的曆史環境中，為了維護清王朝的統治，做出了自己的努力。無論如何，慈禧都是中國近代曆史上一個無法回避的人物，她的故事，不僅是一個女人的權力之路，更是一個王朝的興衰悲歌。
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