直接在朱由檢麵前表態‘五年複遼’，在五年之內就收複遼東地區。
朱由檢聽了之後大喜過望，讓所有衙門給予袁崇煥特事特辦，給予其最大的方便。
並且賜予袁崇煥尚方寶劍，遇到特殊情況可以先斬後奏。
袁崇煥到任後，整頓防務，委任祖大壽守錦州、何可綱守寧遠、趙率教守山海關。
對外聯絡明朝藩屬哈剌慎朵顏三十六家、，開市給賞，加以安撫。
崇禎二年六月初五日，袁崇煥以先斬後奏的方式殺東江總兵毛文龍於雙島，接著上疏請罪。
朱由檢起初得知毛文龍被殺，感到十分震驚。
單就從品級這一條上說，大明律有規定：“凡京官、及在外五品以上官有犯、奏聞請旨、不許擅問。”
毛文龍被斬時的官位是欽差平遼便宜行事總兵官征虜前將軍左軍都督。
其中的“欽差平遼邊宜行事總兵官”屬於“使職差遣”，即臨時派遣的職務；“征虜前將軍”、“左軍都督”才是官位。征虜前將軍不常設，左軍都督是職事官。
即毛文龍真正的官位為五軍都督府的左都督，為正一品。
從這一點上說，就算毛文龍真有過錯，袁崇煥也隻能是“奏聞請旨”、“不許擅問”。
即便袁崇煥手握崇禎賜予的尚方寶劍，但是麵對毛文龍這樣的重臣，也應該提前知回朝廷。
畢竟，尚方寶劍更多的隻是一種象征，而不是真的先斬後奏。
朱由檢雖然對袁崇煥擅殺毛文龍的事情感到震驚，但是人已經死了，他也沒有辦法了。
遼東地區還是要收複的，此刻也正值用人之際。
況且朱由檢還天真的對袁崇煥的‘五年複遼’計劃有所期待。
所以對於袁崇煥擅殺毛文龍這件事情就沒有怎麼追究，也沒有怎麼責備。
崇禎二年十月下旬，後金大汗皇太極在西征蒙古途中決定掉頭攻打明朝。
兵分三路突破大安口等處長城關隘，山海關總兵趙率教戰死於遵化。
袁崇煥率關寧軍從寧遠回防薊州鎮，亦堵截失敗。
後金軍於十一月二十日兵臨北京城下，是為己巳之變。
袁崇煥率軍救援北京，在廣渠門外與後金軍激戰，迫使後金軍退卻。
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可就是這次金軍的直逼北京城，也讓朱由檢對袁崇煥起了疑心。
大金軍隊浩浩蕩蕩直接從薊州而過，袁崇煥居然視若無睹，就這樣讓大金的軍隊兵臨北京城下。
而這樣的情況一共出現了兩次。
並且朱由檢還聽說了袁崇煥私自和後金議和的消息，這讓朱由檢徹底失去了對袁崇煥的信任。
袁崇煥擅殺毛文龍後，毛文龍的手下耿精忠、尚可喜帶著兵馬投降後金。
沒有了皮島在後方的威脅，後金徹底沒有了後顧之憂，而大明這邊則更加被動了起來。
造成這個局麵，都被歸咎於是袁崇煥擅殺毛文龍，導致軍心不穩。
在加上之前袁崇煥私下議和，後金軍隊兩次平安無事繞過薊州兵臨北京城下。
朱由檢便已經對袁崇煥動了心思。
崇禎三年八月，朱由檢以謀反大逆罪將袁崇煥淩遲處死。
此時正值遼東戰事膠著的關鍵時刻，但是主帥袁崇煥卻被淩遲處死。
遼東的局麵越加惡化，大明朝廷徹底陷入了頹敗的局麵。
另一邊，因為小冰河期進入比較嚴重的階段。
引發災荒頻繁、糧食歉收，西北和中原受災尤甚。
而田賦加派依然不減，甚至是越是饑荒而賦稅越是繁重。
再這樣的局麵之下，社會矛盾徹底激化。
遭受大旱的陝西澄城爆發王二起義，他們殺死知縣、嘯聚山林，拉開明末農民戰爭的序幕。
因為朝廷沒錢、沒糧，所以也開始削減了開支，開始裁撤一些衙門和衙役。
首當其衝的便是各地的驛卒。
陝西各地走投無路、已經餓的受不了的農民與邊鎮逃兵與被裁撤的驛卒等合流，紛紛揭竿而起。
這些起義者各自為戰、流動性強。
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