勤部、監察部等六大職能部門，分工明確、協同運轉。
外交部負責對外外交、國際合作；
國防部負責全域軍事布防、軍隊建設、作戰指揮；
民生經濟部負責全域民生建設、經濟發展、貿易統籌；
民族文化部負責民族文化保護、民族矛盾調解、社會和諧建設；
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後勤部負責全域物資儲備、後勤保障、基礎設施建設；
監察部負責監督聯合會各級機構、工作人員、駐軍部隊，嚴查違紀違法、失職瀆職行為。
各部門官員由各民族優秀人才共同擔任，實行公平招錄、擇優任用、定期考核製度，打造一支廉潔高效、為民服務的治理隊伍，杜絕官僚主義、腐敗行為，確保聯合會各項政策落到實處。
同時，建立全域監督與民意反饋機製，在各成員國、各城鄉設立民意監督站點，公開聯合會政策執行、政務運行、資金使用情況，接受全體民眾監督；
鼓勵民眾通過合理渠道提出意見建議，對民眾反映的問題，相關部門必須限期整改、及時反饋，真正做到聽民意、解民憂、順民心。
建立聯合會長效發展規劃機製，立足當下、著眼長遠，製定短期、中期、長期民生經濟發展規劃、軍事防禦規劃、文化建設規劃、外交發展規劃；
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