孫思邈的承諾如同給李世民注入了一劑強心針。他深知，要將《赤腳醫生手冊》中的知識轉化為切實可用的醫療力量，絕非孫思邈一人閉門研究所能完成，需要建立一個可靠且高效的團隊，以及相應的技術支持。
李世民首先下了一道旨意，以“整理曆代醫典，精研養生之道，侍奉宮廷”為由，在太醫院內特設了一個名為“尚藥局典纂處”的新部門。這名稱聽起來像是負責文獻整理的老學究部門，極不起眼，實則卻是未來大唐醫學革新的核心策源地。
孫思邈被授予了“尚藥奉禦”的虛銜，名義上統領此部門，享有調用太醫院一切資源、查閱所有醫案藏書的權力，並可自由出入宮禁，方便為帝後及皇子公主們診視。此舉既給予了孫思邈極高的地位和便利，又巧妙地將其活動掩蓋在太醫院的常規事務之下。
緊接著，李世民親自圈定了數名進入“典纂處”的太醫。入選標準極其嚴苛：首要便是絕對忠誠，家世清白，與世家大族無過深牽連；其次要求醫術精湛，思想開明，不固守成規。其中，便包括了之前曾用針灸之術為林昊治療眼疾的那位老太醫。他因親眼見過林昊的“不凡”（雖然不知其具體來曆），且醫術、醫德俱佳，成為了孫思邈的重要副手。
與此同時，一道密令從兩儀殿發出，直達將作監。幾名手藝最精湛、背景最乾淨、且曾參與過諸如千裡鏡研磨等“特殊項目”的工匠被秘密抽調出來，他們的檔案被加密，家人被暗中保護（實為監控），隨後被引入了宮禁深處一處新劃定的、守衛森嚴的工坊。這個工坊直接隸屬於“典纂處”，不對將作監負責。
他們的首要任務，便是根據《赤腳醫生手冊》中的圖文描述，嘗試複原那些前所未見的醫療器械。其中重中之重，便是那被稱為“注射器”的神奇器物。手冊中描繪的，利用玻璃（或透明樹脂）管身、金屬針頭，通過活塞推注藥液直接進入人體的方式，徹底顛覆了傳統口服、外敷的治療途徑，對於實現書中提到的某些療法（如未來的牛痘接種、或者更遠期的藥物治療）至關重要。
工匠們麵對著“刻度精準”、“管壁光滑透明”、“針頭中空而極細且鋒利”、“與管身連接處需嚴格密封”等一係列極高難度的要求，開始了艱難的探索。他們嘗試用最純淨的水晶打磨管身，用精金（高純度黃金）或百煉鋼拉製細針，用魚膠、蜂蠟嘗試密封……過程屢屢失敗，但在孫思邈根據書中原理進行指導，以及李世民不惜工本的物資支持下，進展雖緩慢，卻始終在向前推進。
而在“典纂處”的書齋內，則是另一番景象。孫思邈帶領著幾位精選出的太醫，開始了對《赤腳醫生手冊》的係統性研讀與整理。他們夜以繼日，分工合作。
有人負責將書中與現代醫學相通或可借鑒的部分，用當下的醫學語言進行轉譯和注釋。
有人負責根據書中描述的病症和藥方，在大唐現有的藥材庫中尋找替代品或驗證其療效，尤其是針對黃花蒿治療瘧疾、以及可能找到的替代青黴素的原始黴菌（如某些陳年漿糊或瓜果黴菌）進行初步的、極其小心的培養和試驗。
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孫思邈則親自負責核心部分，結合林昊的講解，深入理解細菌、病毒、消毒、免疫等概念，並著手為長孫皇後的氣疾、以及可能預防皇子公主們未來健康隱患，製定詳細的、融合了新老知識的調理方案。
所有研究成果，都被以特殊的密碼記錄，單獨呈報給李世民。整個“典纂處”及其附屬工坊，如同一個在平靜太醫院表象下高速運轉的秘密心臟，吸收著來自未來的醫學養分，準備著在未來某個關鍵時刻，為大唐迸發出強大的生命力。
李世民偶爾會秘密前來視察，看著孫思邈與太醫們激烈討論，看著工匠們對著圖紙和半成品冥思苦想，心中充滿了期待。他知道，當這個秘密部門的研究成果逐漸成熟並推向世間的時刻，必將引發另一場不亞於軍事和政治變革的巨震。
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