，防止日曬雨淋，配備士兵日夜看守，嚴防物資丟失。
每日，都有大量的軍械、糧食與淡水從這裡卸下，由民夫與士兵搬運至平夷城要塞與各處營地，忙碌而有序。
軍事防禦體係的構建，是沈有容經營壹岐島的重中之重。
除了三大港區的防禦部署，他還在島嶼製高點、港口咽喉處，修建了壹岐城寨作為全島的指揮中樞，同時在四端修建小型烽火碉樓，形成全域防禦支點，搭配先進的火器，構建起全覆蓋的岸防火力網，將壹岐島打造成一座堅不可摧的堡壘。
壹岐城寨遵循明代海防城堡規製，採用磚石夯土結構，牆體高大厚重，高達三丈，底部寬兩丈五，頂部寬一丈，牆體之上鋪設青磚，光滑堅固，可抵禦火器的轟擊。
城寨設有四座城門，分別對應東、南、西、北四個方向，城門採用實木打造，外包鐵皮，鑲嵌銅釘，厚重堅固，城門後設有甕城，一旦敵軍攻破城門，便會陷入甕城的包圍之中，成為明軍的活靶子。
城寨之上，修建了四座城樓與八座角樓，城樓高達四丈，頂部設有瞭望台，士兵可登高遠眺，觀察周邊海域與島嶼的動靜。
角樓分布在城寨的四個角落，配備火器與弓箭手，可全方位防禦敵軍的進攻。
城寨內部，布局規整，設有帥府、軍營、議事廳、軍械庫、糧庫等區域。
在島嶼東、西、南、北四端的製高點，沈有容各修建了一座小型烽火碉樓，碉樓採用磚石砌成，高達三丈，頂部設有瞭望口與射孔，每層都有士兵值守。
四座碉樓相互呼應，一旦發現日軍戰船或登陸部隊，便會立刻點燃烽火。
白天燃煙，夜晚點火，烽火信號可在半個時辰內傳遞至壹岐城寨與各大港區，讓明軍能夠迅速集結，做好防禦準備。
此外，在連接各大港區與城寨的要道上，還修建了小型防禦工事，部署弓箭手與鳥統手，形成層層防線，即便日軍成功登島，也難以突破明軍的防禦。
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依託明代先進的火器，沈有容在全島構建了全覆蓋的岸防火力網，兼顧遠程轟擊與近距離壓製，既能抵禦日軍水師的進攻，又能為己方戰船提供火力支援。
在港口及島嶼製高點，部署了紅夷大炮十門、大型佛郎機炮二十門。
紅夷大炮射程可達三裡，威力巨大，可直接轟擊來襲的日軍安宅船、關船，擊穿船體，摧毀日軍戰船的作戰能力。
大型佛郎機炮射程可達一裡半，射速較快，可連續發射，形成密集的火力覆蓋，封鎖九州方向的來敵航道。
這些大炮均由明朝本土運來，配備專業的炮手，每日進行操練，調試炮口角度，熟悉射程與威力，確保戰時能夠精準打擊敵軍。
在沿島岸線，部署了中型佛郎機炮、虎蹲炮共五十門，搭配千餘名鳥統手、
三眼統手，形成近距離火力壓製。
中型佛郎機炮與虎蹲炮體型小巧，可靈活移動，適合部署在岸線的防禦工事之中，針對日軍的小型快船、登陸艇進行打擊。
鳥銃手與三眼統手則分布在岸線的戰壕與瞭望塔中，一旦日軍靠近岸邊，便會密集射擊，射殺日軍士兵，防止日軍登島偷襲。
此外，還在岸線附近挖掘了戰壕，鋪設了尖木，進一步加固防禦，阻擋日軍登島。
除了岸防火力部署，沈有容還對水師部隊進行了精準部署，分為主力戰船與輕型突擊戰船，各司其職，兼顧防禦與襲擾。
常駐登萊水師主力戰船四十艘，其中福船十二艘、廣船八艘、蒼山船二十艘，由沈有容直轄。
福船體型龐大，船體堅固，可容納數百名士兵，配備多種火器，是明軍水師的主力戰船，適合正麵作戰。
廣船擅長航海，速度較快，適合長途航行與巡邏。
蒼山船體型小巧，靈活輕便，適合近距離作戰與追擊。
這些主力戰船每日在對馬海峽巡邏，防禦日軍水師主力的進攻，掩護補給航線的安全，確保島上的物資供應不被切斷。
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