三日之後，內閣與兵部將旨意進一步完善，以六百裡加急之速，密送遼東，至熊延弼之手。
熊延弼接此密旨，竟激動得渾身戰栗，心中暗呼：“聖上知我意也！”
新旨意對遼東戰略進行了一係列前所未有的大膽調整，亦標誌著大明於遼東之戰略，發生根本性轉折。
一、戰略轉攻為守，確立“存人”之本
旨意開篇便直言不諱，首次以官方文件的形式承認：“朕觀遼東戰局，我軍野戰之力，實遜於建虜。”這需要莫大的勇氣，但也打破了以往“天朝上國”的虛驕之氣。同時也明確提出了“存地失人，人地皆丟；存人失地，人地皆存”的十六字原則，規定今後遼東戰事，“當以固守堅城、疲敵耗敵為主，非有萬全把握，不得浪戰。”
這一原則的確立，為後續所有軍事調動提供了依據，也讓前線的熊廷弼等鬆了一口氣，不必再迫於朝中那些文官們的壓力而倉促出戰。
二、南軍北調，拱衛京畿與編練新軍
針對南方客軍的調動是旨意的核心。文中詳細闡述了理由：“川浙、湖廣、廣西等客軍，忠勇可嘉，然北地苦寒，多生疾疫；更兼缺馬少騎，機動不足，難以製衡虜騎。”因此，決定將他們主動撤離遼東戰場。
戚家軍：移駐京師西山，其使命被提升到戰略高度——“專司火器演訓與新軍編練”。這支有著輝煌傳統和嚴明軍紀的軍隊，即將成為了皇帝打造新型核心武裝的“種子部隊”。
白杆兵：移防天下第一關——山海關。他們不僅要負責關防，更重要的任務是“訓導遼人新卒”，將其擅長的山地戰法與北方士兵的特點結合，打造一支新的邊防勁旅。
酉陽土司兵：駐防居庸關，扼守京師西北，嚴防蒙古部和建奴南下。
福建水師：調駐登州府，由新任登萊巡撫孫元化直接統領，打造新戰船，編練新式水師，未來將會為遼東開辟水上戰場，同時也將為遼東提供後勤保障。
其餘南軍：如廣西狼兵、湖廣兵等，均被安置在京師周邊要害之地，構成了一道緊密的京畿防護圈。
此舉一舉三得：保全了南軍精銳、增強了核心防衛力量、也開始了新軍事改革的實踐。
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三、堅壁清野，釜底抽薪
旨意嚴令，遼東軍須配合朝廷政策，“力行堅壁清野之策”。動員遼東百姓、軍戶，“悉數內遷”，由朝廷提供路費、安排田地，安置於氣候較溫暖的河南、山東乃至江淮等人煙相對稀少的地區。同時，“帶不走的糧秣、房舍，儘數焚毀，井渠填塞，勿以粒米資敵。”
這是一招狠棋，旨在極大增加後金占領遼東後的統治成本，削弱其戰爭潛力，使其即便得到土地，也是一片白地，難以立即利用。
四、倚重遼人，收縮防線
對於剩下的遼東本地軍隊，文書提出了“以遼人守遼土”的策略。敕命熊廷弼“儘收散勇之兵，汰弱留強”，將兵力集中收縮於遼陽、錦州、寧遠等堅城，並賦予其臨機決斷之權——“若事不可為，沈陽亦可暫棄，務求保全兵力為上”。這給了熊廷弼極大的指揮靈活性，避免了分兵把守、被各個擊破的命運。
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