軍事內閣的成立，如同為大明這台龐大的戰爭機器注入了全新的靈魂和高效的中樞神經。
朱常洛終於可以從繁瑣具體的軍務中抽身，將更多精力投入到更宏觀的國策製定和推動其他領域的改革上。他隻需要在軍事內閣會議上提出戰略方向和要求，例如“強軍”、“革新裝備”、“優化編製”，孫承宗、袁可立、秦良玉等人便能迅速領會聖意，組織相關人員進行詳儘的論證，並拿出切實可行的方案供他決策。朱常洛的角色，更多地轉向了最終拍板者以及協調各方資源、確保政令暢通的保障者。
軍事內閣運轉後的第一項重大舉措，便是秉承朱常洛“總結得失，以利再戰”的旨意，組織所有參與薊州之戰的將領、中層軍官乃至有經驗的老兵，進行了一場規模空前的戰後大總結。會議在嚴肅而務實的氣氛中進行，摒棄了過往文過飾非的陋習，直麵問題，暢所欲言。
數日後，一份厚實的《薊州戰役得失總結及軍備整飭建言》奏章，擺在了朱常洛和全體軍事內閣成員的案頭。奏章首先肯定了新式火器的巨大作用，明確指出“火炮轟鳴，火槍齊射，實乃此役製勝之關鍵”，但隨之而來的，是一連串尖銳而具體的問題：
一、火器雖利，弊病亦多。
火槍：配備數量仍顯不足，未能完全形成持續火力密度；射速偏慢，麵對高速衝鋒之敵仍有壓力；有效射程較近，尤其對披掛三重重甲之八旗白甲兵，穿透力不足，往往需近至數十步內方能破甲；連續射擊後槍管過熱，易變形甚至炸膛，影響作戰持續性。
火炮：紅夷大炮等重型火炮威力巨大，但過於笨重，機動性差，難以跟隨部隊快速轉移，尤其在追擊戰中往往掉隊，導致火力支援中斷。
建言：懇請陛下督飭皇家製造局、西山兵工廠，集中工匠之力，著力研發射速更快、射程更遠、破甲能力更強之新式火銃，並改進冶煉工藝，提升槍管質量，解決過熱問題。同時，需大力提升火器產量，儘快實現全軍普及，並研發更輕便、適於野戰伴隨之火炮。
二、機動不足，追殲乏力。
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此役追擊階段，雖有關寧鐵騎，然步兵及炮兵主力，尤其是滿桂、冉見龍部，因缺乏足夠馱馬及車輛，行軍速度緩慢，導致合圍遲緩，未能將努爾哈赤殘部全殲於喜峰口內。後勤輜重運輸亦嚴重依賴畜力，效率低下，製約大軍持續作戰能力。
建言：亟需擴充官營馬場，鼓勵民間養馬，多方籌措戰馬。同時，工部應研發、製造更多適用於山地、丘陵地帶的運輸車輛，提升後勤保障及部隊戰略機動能力。
三、舊軍臃腫，亟需革新。
原薊州鎮邊軍、各地衛所兵，不僅戰鬥力低下，臨陣畏敵，且空耗巨額糧餉，已成財政沉重負擔。衛所製度敗壞，軍戶困苦，逃亡甚眾，名存實亡。
建言：擇內地數省先行試點，對衛所製度進行徹底改革。解放原軍戶，允許其轉為民籍，擇業謀生。撤銷冗餘衛所，保留要害之地之衛所，但其職能轉為維持地方治安、緝捕盜賊、巡邏關卡等，不再以對外征戰為主要任務。衛所兵員改為募兵製，確定員額編製，餉銀由戶部統一核定、撥發，杜絕克扣，並加強訓練，使其成為可靠的後備力量與治安部隊。
四、新軍擴編，以為骨乾。
鑒於皇家新軍、登萊新軍在戰役中表現出的強大戰鬥力，建議以此為基礎，大力擴編新式軍隊，作為國家防務之核心。
大明皇家陸軍新軍：以西山軍營現有皇家新軍為骨乾，擴編為十個旅，定員五萬人。裝備最精良之火器，施以最嚴格之訓練，成為拱衛京畿、隨時策應四方之戰略總預備隊。
大明皇家海軍：以孫元化所部登萊新軍及水師為骨乾，整合沿海水師力量，組建大明皇家海軍，定員十萬人。大力發展戰艦，裝備艦炮，不僅要防禦海疆，更要具備遠洋作戰能力，護衛海貿，開拓萬裡波濤。
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