知道無法打退登上自己旗艦的明軍，科恩不得不非常沮喪的下令。
“全體棄艦！轉移至科隆號！”
科恩的命令在巴達維亞號的甲板上回蕩，他的聲音中帶著一種罕見的恐慌與不甘。
副艦長彼得愣了一下，隨後反應過來，連忙組織親衛護送科恩往船頭一側放下的小艇奔去。他原以為總督會在新的旗艦上重整旗鼓，與明軍決一死戰，但哪知道登上科隆號的科恩接下來的第一條命令就讓他心頭一沉。
“傳令各艦，分散突圍！能走多少走多少！”登上科隆號的科恩喘息未定，便急促下令，“科隆號全速向東，繞開明軍主力！”
“總督閣下，我們……”彼得還想說什麼。
“閉嘴！執行命令！”科恩怒吼，雙眼布滿血絲，“你想死在這裡嗎？看看海麵上！”
彼得順著他的手指望去，隻見至少已有四艘明軍快船正全速向科隆號追來，而更遠處，明軍主力艦隊正調整陣型，準備全麵追擊。
科隆號率先調轉船頭，升起滿帆，破開波濤向東疾馳。這一舉動在荷蘭艦隊中引發了更大的混亂——旗艦率先逃跑，意味著這場海戰已經徹底失敗。
“紅毛鬼要跑！”沈有容在“鎮海”號艦橋上看得分明，當即下令，“全軍追擊！不要放走一艘敵艦！”
福廣水師的十艘主力艦升起滿帆，如獵豹般撲向潰逃的荷蘭艦隊。而那些小型快船更加靈活，已經咬住了幾艘落後的荷蘭武裝商船。
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海麵上演了一場貓捉老鼠的追逐戰。荷蘭艦船各自逃命，隊形徹底瓦解，有的向南，有的向北，更多的是跟著科隆號向東逃竄。
“軍門，敵軍分散突圍，我軍兵力有限，恐難以全殲。”顏思齊通過旗語傳來擔憂。
沈有容眉頭緊鎖。他自然明白這個道理，荷蘭艦隊雖遭重創，但仍有三十餘艘艦船，若四散奔逃，以福廣水師的數量確實難以全部攔截。
就在此時，了望哨突然高喊：“軍門！西北方向發現船隊！數量眾多！”
沈有容連忙舉起望遠鏡，隻見西北海平線上，一支龐大的艦隊正破浪而來。為首的是一艘與“鎮海”號同級的三桅大艦，船頭飄揚著大明龍旗和“孫”字將旗。
“是孫軍馬！”沈有容大喜，“援軍到了！傳令各艦，全力追擊！孫軍馬的艦隊會從西北方向包抄！”
孫元化率領的三十艘戰艦加入戰場，徹底改變了力量對比。這支從南京水師抽調的精銳艦隊訓練有素，船型統一，速度極快。
“分三隊包抄！一隊截斷東逃路線，二隊追擊南逃敵艦，三隊配合沈軍門圍剿殘敵！”孫元化在旗艦“定海”號上迅速下令，他通過望遠鏡已看清戰場形勢。
明軍艦隊如同張開的大網，從三個方向合圍潰逃的荷蘭艦隊。
科恩在科隆號上看到這一幕，臉色更加蒼白。“上帝啊……他們還有援軍……”
“總督閣下，東北方向也有明軍艦船包抄過來！”了望手驚恐報告。
“轉向東南！全速！”科恩嘶吼，他此刻隻有一個念頭——逃回巴達維亞。
但東南方向也不安全。袁八老在俘獲巴達維亞號後，迅速組織了幾艘還能航行的快船，正從那個方向攔截。
“撞上去！不能讓紅毛總督跑了！”袁八老站在一艘俘獲的荷蘭快船上，親自掌舵。這艘船原本是荷蘭艦隊的通訊船，速度極快。
科隆號在明軍包圍網中左衝右突，科恩幾乎是憑著本能指揮著逃亡路線。他命令三艘武裝商船斷後，不惜一切代價拖住追兵。
那三艘商船上的荷蘭水手知道已是必死之局，反而爆發出驚人的戰鬥力。他們調轉船頭，迎著明軍追兵衝去，企圖用自殺式衝擊為旗艦贏得時間。
“放火船！撞沉他們！”孫元化冷靜下令。
六艘明軍火攻船衝向三艘斷後的荷蘭商船。海麵上爆發出三團巨大的火球，濃煙滾滾。這三艘商船以自毀為代價，確實拖住了明軍的部分追兵。
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