泰昌帝朱常洛親自坐鎮南京，在鏟除了南方的大士族財閥們之後，又通過土地改革、解放奴籍、將工坊還給優秀的匠人和管理者等方式，極大的提高了南方手工業者的積極性，為京師防疫和遼東戰爭提供了充足的物資保障。
在獲得了大量的物資之後，朱常洛隨後又指揮福廣水師和沿海商船，將這些物資源源不斷的送往京師和遼東地區。
與此同時，京師的鼠疫防治工作也隨著王承恩的返回而正式開始。
紫禁城文華殿內，監國太子朱由校、內閣首輔孫承宗及六部堂官齊聚。
王承恩風塵仆仆的趕回京師，當著太子和文武大臣的麵拿出了朱常洛親筆所書的《鼠疫防治方略》。
“殿下，孫閣老，諸位大人，”王承恩聲音沉穩，“陛下得知京師發生鼠疫後，就命奴婢立即返京，並給奴婢親筆書寫了鼠疫防治的方略。”
隨後他將朱常洛親筆書寫的方略呈交給坐在禦座下方的太子朱由校。
朱由校接過方略細看，越看越心驚：“封鎖九門？全城戒嚴？坊市隔離？這......會不會引起百姓恐慌？”
“殿下，”孫承宗肅然道，“老臣查閱史籍，元末鼠疫，中原十室九空；前朝嘉靖年間山西大疫，死者數十萬。瘟疫猛於虎，非常之時當行非常之策！王公公此策雖嚴，卻是阻斷疫情傳播的唯一良方。”
“孫閣老所言極是。”工部輔臣徐光啟附和，“若疫情失控，京師百萬軍民皆危，遼東戰事亦將受挫。當斷則斷！”
朱由校深吸一口氣：“既如此，本宮準奏！王承恩聽旨：命你為京師防疫總督，節製五城兵馬司、順天府、太醫院和大明皇家商行，全權負責京師防疫事宜！內閣、六部全力配合！”
“臣領旨！”王承恩跪地叩首。
次日清晨，京師九門同時關閉。五城兵馬司的兵士沿街敲鑼宣告：
“奉太子殿下諭旨，即日起京師戒嚴！各坊設柵欄隔離，百姓不得隨意出入！所有集市、酒樓、戲園一律關閉！家家戶戶需滅鼠消毒，外出必須佩戴口罩！”
起初，百姓們驚慌失措。有人試圖衝擊城門，有人囤積糧食，有人散布謠言。但很快，朝廷的配套措施跟上來了。
順天府在每坊設立“官米鋪”，按戶平價供應糧食，杜絕奸商囤積居奇；皇家商行醫藥局和太醫院在各坊開設“防疫醫館”，免費發放口罩、湯藥；五城兵馬司每日三次沿街噴灑石灰水消毒......
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最讓百姓安心的是，太子朱由校沒有躲在深宮，而是每日登上城門樓，親自向百姓喊話：
“京師父老！朝廷絕不會拋棄任何一個人！皇帝陛下正親自坐鎮南京，把南方的糧食、棉布、藥品正日夜兼程運來！隻要我們同心協力，必能戰勝瘟疫！”
太子親民之舉，穩住了人心。
王承恩的防疫措施細致而堅決。
他將京師劃分為一百三十六坊，每坊設坊正一人、防疫官兩人、兵士二十人。各坊之間以木柵欄隔離，隻留一個出入口，由兵士把守，進出需憑“防疫路引”。
“防疫路引分為三種，”王承恩向各坊正解釋，“紅色為醫官、藥工專用，可跨坊行走；黃色為糧運、物資人員使用，限指定路線；白色為普通百姓應急之用，需坊正簽字，且每次外出不得超過一個時辰。”
各坊內部，防疫官組織青壯年組成“防疫隊”，挨家挨戶檢查。
“家裡可有死鼠？有無發熱、咳血之人？”防疫隊員仔細詢問。
一旦發現疑似病例，立即將患者移至坊內設立的“隔離屋”，其家人也需居家觀察七日。患者用過的物品全部焚燒，房屋內外徹底消毒。
滅鼠是重中之重。王承恩下令：“每捉一鼠，並用火焚之賞錢十文。”
重賞之下，京師掀起滅鼠熱潮。人們設置各種捕鼠機關捕捉老鼠。僅三天，順天府就收到了三十萬隻死鼠。這些死鼠被統一運至城外，挖深坑撒石灰掩埋。
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