有了孫元化的命令，再加上士兵們對現場的猜測，對這些西班牙武裝和傳教士，自然是毫不留情。
很快現場就到處都是俘虜們的哀嚎聲和慘叫聲。
士兵們對這些紅毛鬼隻有一個原則那就是沒有原則。首先攻擊的就是他們身上最疼痛薄弱的位置。
但俘虜們卻都裝作茫然不懂漢語，或嘰裡咕嚕說著無人能懂的方言土語，企圖矇混過關。
孫元化耐心耗儘，眼中殺氣迸現：“既然語言不通，留著無用。殺！”
第一個被拖出來的“語言不通者”在哭嚎中被一刀了賬。第二個、第三個……當第七顆頭顱滾落在地，溫熱的鮮血浸透院中泥土時，死亡的恐懼終於壓倒了某些人的僥倖。
“住手！你們這些野蠻的屠夫！怎能隨意殺害上帝的子民！”一個身穿黑色神父長袍、留著短鬚的中年人猛地掙脫束縛，用流利卻帶著顫抖的漢語大喊起來。他正是此前在教堂內頗為活躍的卡洛斯神父。
孫元化抬手止住了行刑計程車兵，目光如利箭般射向卡洛斯：“終於肯說了？告訴本督，你是誰？那些孩子在哪裡？洞裡有什麼？”
卡洛斯神父麵色慘白，眼神躲閃，嘴唇哆嗦著：“閣下，我是教堂的神父卡洛斯，孩…孩子們……他們……他們被主接納，去了更好的地方……那山洞…就是…就是上帝對他們的考驗之地，你們不能進去，也不能褻瀆……”
“一派胡言！”孫元化厲聲打斷，他早已從對方慌亂的神情和這詭異洞穴中猜到了最壞的可能，但親耳聽到這種掩飾，怒火更是熊熊燃燒，“看來你是不見棺材不掉淚！來人，給這位‘上帝的僕人’好好‘鬆鬆筋骨’，讓他想想該怎麼說人話！”
如狼似虎計程車兵立刻將卡洛斯拖到一旁，各種殘酷但高效的刑具尚未全部用上，隻是幾樣開胃小菜，卡洛斯淒厲的慘叫便響徹院落。他養尊處優慣了，哪裡受過這等苦楚，心理防線在肉體的劇痛下迅速崩潰。
“我說！我說！求求你們住手！”卡洛斯涕淚橫流，嘶聲喊道，“孩子們…孩子們在山洞裡……他們……他們被用來測試……測試鼠疫的毒性和傳播方式……是總督的命令！是席爾瓦總督和後金人約定的計劃一部分！我們需要知道哪種方式傳播最快，最隱秘……孩子…還有一些抓來的流民……就是最好的試驗材料……”
儘管已有心理準備，但親耳聽到如此滅絕人性、駭人聽聞的供詞，孫元化和周圍將士依然感到一股寒氣從腳底直衝天靈蓋，緊接著便是無法遏製的滔天憤怒。
“畜生！披著人皮的魔鬼！”陳繼盛目眥裂，差點拔刀當場砍了卡斯。
孫元化強著翻騰的殺意和噁心，繼續問：“裡現在是什麼況？還有活口嗎？如何試驗？把你知道的一切，都說出來！”
卡斯癱在地，斷斷續續地代：山經過改造，部有數個隔開的區域。孩子們和抓來的年人被分別關押，以不同的方式暴在鼠疫桿菌下——空氣傳播、食飲水汙染、跳蚤叮咬、甚至直接傷口接種……他們詳細記錄發病時間、症狀、死亡過程，以獲取“寶貴的資料”。試驗已經持續了數年，起初還有幸存者被用來進行下一試驗或解剖，但最近一批試驗毒極強，山……應該已無活口。那些，因為要觀察腐爛過程和持續散播病菌的能力，也大多未被妥善理……
“立刻準備石灰、酒精、厚布麵巾、手套！所有需進入山洞者，必須全身防護，出來後衣物全部焚燒，人員隔離觀察！”孫元化壓下心頭的震駭與悲憤，迅速下達命令。他深知鼠疫的可怕，絕不能讓其從這魔窟擴散。
隨後孫元化親自挑選了5名自願進入山洞計程車兵，其中還包括一名軍醫。他們自願穿戴好簡易但儘可能嚴密的防護，舉著火把和武器，義無反顧地踏入了那散發著死亡氣息的洞穴。
火光搖曳，照亮了洞內的景象。即便是這些見慣了屍山血海的老兵，也瞬間被眼前的場景震撼得僵立當場，不少人忍不住彎腰乾嘔起來。
洞穴曲折向下，兩側人工開鑿的石室或天然凹洞中，堆疊或散落著數不清的骸骨。小的蜷縮如嬰，大的已成少年模樣，還有許多成年人的骨架。許多屍體並未完全白骨化，呈現出黑紫潰爛的恐怖形態，空氣中瀰漫著濃烈到化不開的腐臭和藥水氣味。一些石壁上還殘留著掙紮的抓痕，地上散落著破爛的衣物、小小的鞋子、粗糙的玩具……
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