隨著調查深入，越來越多的線索指向中醫界最德高望重的幾位泰鬥。他們表麵上推廣傳統醫學，背地裡卻通過跨國醫療集團進行非法人體實驗。這些實驗的目的，竟是為了驗證古籍中以人入藥，重塑先天的邪說。而他們選中的實驗對象，大多是無親無故的流浪者，或是急需救治的貧困患者。
林墨在追查過程中結識了一位神秘女子，她自稱是古代醫家的後人，手中掌握著破解藥人計劃的關鍵——真正的《靈樞秘典》殘卷。殘卷記載，上古時期確實存在活人入藥的邪術，但真正的中醫聖賢早已將其封印，並留下警示：若此術重現，唯有以醫者仁心為引，方能化解。
就在兩人準備揭露真相時，神秘女子突然失蹤。林墨循著線索找到她的住所，隻發現滿地狼藉和一張字條：他們要的不是真相，而是能讓死人開口的活人。與此同時，全國各地陸續出現藥人暴動事件，那些失去意識的實驗體突然集體蘇醒，用針灸手法襲擊路人，在受害者身上留下詭異的穴位標記。
更令人震驚的是，這些標記連起來竟是一張古代地圖，指向某處神秘的藥都遺址。據說那裡埋藏著上古醫家的終極秘密，也是藥人計劃的最終目的地。林墨決定深入虎穴，卻在臨行前收到師父寄來的包裹。包裹裡除了當年在靈艾穀見到的青銅獸首，還有一盤錄像帶。
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錄像帶裡，師父講述了一個跨越千年的陰謀：自戰國時期起，就有一群人妄圖通過實現永生。他們篡改醫書，曲解經義，將中醫典籍中的養生之道扭曲成殺人秘術。曆代有識之士雖竭力阻止，卻始終無法徹底根除。而林墨，正是他們選中的——因為他特殊的體質，能與《靈樞秘典》產生共鳴。
記住，真正的醫學不是工具，而是良知。師父在錄像帶結尾說道，當你看到這段影像時，我可能已經成為他們的一員。但我相信，你能打破這個千年輪回。錄像帶突然自燃，林墨握緊青銅獸首，發現獸首的眼睛裡流出了淚水——那是帶著藥香的透明液體，滴在地上竟開出了金色的艾草花。
在前往藥都遺址的路上，林墨不斷遭遇神秘襲擊。追殺他的人不僅精通中醫暗器，更能用特殊的針灸手法控製他人行動。某次死裡逃生後，他在傷者身上發現了與師父辦公室相同的青銅鼎紋身，這證實了他的猜測：所謂的中醫泰鬥，早已淪為邪術的傀儡。
終於，林墨抵達了藥都遺址。這裡是一座建在地下的古城，街道兩旁的建築都雕刻著猙獰的人麵，空氣中彌漫著令人作嘔的藥味。城中的皆是失去意識的藥人，他們機械地重複著製藥流程，將活人放入巨大的藥臼中舂搗。更深處，林墨看到了令他毛骨悚然的一幕：他的師父和那些泰鬥們，正在將自己的經絡與青銅祭壇相連，試圖借助藥人的力量完成。
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