周三，戰役模式中的第二戰打響。由於月神5號的墜落導致地球上的居民人心惶惶。米萊將哈薩維送往太空。哈薩維也認識了和父親一起上太空的珂絲·帕拉雅。
珂絲·帕拉雅的父親阿登納·帕拉亞是時任地球聯邦副部長，由於父母離異繼母又性格刁鑽，因此從小得不到家庭溫暖而變得性格叛逆激烈
阿登納·帕拉亞要求布萊度將戰艦開往SIDE-1，為的是和夏亞談判。阿登納與夏亞和談的目的就是新吉翁和平解除在甘泉的艦隊武裝，並將月神二號移交給聯邦當局。而作為回報，夏亞將獲得阿克西斯作為補償。當談判的進程令阿登納滿意後，阿登納前往月神二號監督新吉翁艦隊解除武裝。
阿姆羅在之前的戰鬥中意識到了夏亞機體的強大，將隻開發了一半的RX-93ν高達強行從阿納海姆開了出來。ν高達由阿姆羅主導設計，但是卻加裝了夏亞故意透露的精神感應骨架技術，能夠最大限度發揮出他的NewType能力。
阿姆羅還修改了浮遊炮的設計，增大了體積，並改為長板型折疊式，使用的時候兩邊折疊起來利用磁場壓力產生光束攻擊。因為全套浮遊炮共六件並聯放置在機體背包左部的武器架上，就像多了一隻翼，所以阿姆羅也將其定名為“浮遊飛翅炮”，終於擁有與夏亞的最新座機MSN-04沙紮比相抗衡的實力。
得到新機體的阿姆羅心情十分愉悅，就帶著珂絲與哈薩維駕車兜風，在休息時段外出騎馬散步的夏亞和阿姆羅撞個正著。兩人大打出手，阿姆羅甚至拔槍欲向夏亞射擊，然而誰也沒想到就在此時珂絲竟突然奪去阿姆羅的槍械，並與夏亞一起由新吉恩軍的強化人邱尼駕機接走。
這一次，隆德·貝爾察覺到了危險，腐朽的地球聯邦一直想通過談判手段和新吉恩軍達成合作。但是在隆德·貝爾眼裡，這是不可能的，擁有獨立軍事權的隆德·貝爾。出現在了月神二號。
阿姆羅迫不及待的駕駛新機體出戰，RGZ-91利·卡茲則是交到了樓宇手裡。夏亞用MSN-04沙紮比對戰阿姆羅的RX-93ν高達。這也是夏亞期待的，使用功能類似的機體進行公平之戰。既是宿敵也是戰友的兩人戰在了一起。
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樓宇駕駛著利·卡茲尋找著NZ-333a·瓦索龍的位置，但是被邱尼·卡斯的MSN-03乍得·多加偷襲
MSN-03乍得·多加
乍得·多加的浮遊炮艙莢盾襲來，樓宇和利·卡茲還在磨合階段。不能在第一時間有效反擊。樓宇隻能豎盾抵擋。然後發射二連裝榴彈，乾擾乍得·多加。
樓宇察覺到NPC隨著時間線退移也變得越來越強了。不隻是機體能力提升，NPC的戰力也有大幅度提升。而且NPC進入戰鬥就是滿狀態，玩家則是需要短暫預熱。
樓宇也體會到了阿姆羅迫切想要新機體的緣故。利·卡茲雖然有準塞可繆裝置生物傳感器，但是並沒有浮遊炮這類的武器。樓宇的反應速度還達不到阿姆羅那個級別。被壓製的無法反擊，隻能防守。
此時的另一隻鴨子正在陪著珂絲試駕新機體NZ-333a·瓦索龍。作為NT的珂絲雖然沒有實戰經驗，但是由於新吉恩軍缺兵少將，隻能讓珂絲出戰。
但作為完全依靠精神力來操控的瓦索龍，過於依賴機師的NT能力，對於珂絲這樣年輕的新人機師，本就不堅定的意誌在殘酷的戰爭前越來越不穩定，甚至出現混亂。
在一旁的另一隻鴨子不知道怎麼乾預，隻能和瓦索龍一起殺入地球聯邦軍陣營，然後目送珂絲怒殺親爹。
阿登納來到月神二號，才發現月神二號上的新吉翁艦隊大部分都是偽裝氣球假扮的，隨即阿登納所在的戰艦也參與到了對抗新吉恩軍的戰鬥中。
但是一台巨大的機體出現。阿登納所在的戰艦下意識的攻擊這台機體，被瓦索龍的I力場發生器擋住。受到攻擊的珂絲頓時失控，直接亮出了瓦索龍的所有武器。然後在不知情的情況下擊沉了自己父親所在的戰艦。已經覺醒了NT能力的珂絲，受到瓦索龍和父親死亡的雙重精神壓迫直接昏厥。
另一隻鴨子目睹了瓦索龍用了25秒就乾掉了一艘戰艦後，怎麼呼叫珂絲都無法得到回複。另一隻鴨子隻能開著AMS-119基拉·多加將全高108.26米的瓦索龍。推回母艦。
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