《本草綱目》凡例
《神農本草》原為三卷，收錄藥物三百六十種，分為上品、中品、下品三類。梁代陶弘景將其藥量擴充一倍，新增藥物仍按原有品級並入。唐代及宋代重新編修時，又各自增補條目，部分藥物合並或調整次序，雖保留舊有品類名稱，但其原有編排已混亂不堪，分類原則與意義全然喪失。現今重新編撰，統分為十六部為綱，下設六十類為目，各類藥物按其屬性歸列。原三品分類之名均標注於各藥條目之下，一覽即明，省卻查考繁瑣。
過去的本草書籍常將玉石、水土混雜不分，各類蟲、魚、介甲也未作區別，甚至有將昆蟲歸入木部，或把木本植物並入草部的情況。現今對各品類進行了專門歸類：首列水火兩部，因水土火是萬象生成的根基；隨後為土部，因其為萬物孕育之源；再以金玉石部續之，因其從屬於土地。
其後依次為草本、穀物、菜蔬、果品、林木諸部，按照形體由細小至粗大的次序排列。接著是服用器物類，因其材料源自草木。蟲豸、鱗介水族、飛禽、走獸諸部居後，最終以人體相關收錄結篇，遵循從基礎物質到高等生靈的排列規律。
藥物常有多個名稱，古今稱謂存在差異。本書統一采用標準學名為綱目，其餘別名皆歸入該藥名釋義部分的附錄，以此確立統一規範。同時保留曆代藥典記載的各種異名標注，以供考證其曆史源流。
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唐代至宋代累積的藥物條目存在重複收錄或混淆記錄的現象。現已全部核查訂正，將同類項歸類合並，采用綱屬與分目相結合的體例：例如以為綱屬，便將其牙齒、犄角、骨骼、腦髓、肝臟、涎液等部位列為分目；以為綱屬，便將紅粱米、黃粱米等變種列為分目。
每種藥物首先解釋名稱，是為確定正確名稱；接著是集解，說明其產地、形態和采集方法；之後是辨疑、正誤，辨明可疑之處，糾正錯誤記載；其次是修治，詳細說明炮製方法；隨後是氣味，闡述藥物性質；之後是主治，記錄其功效；接著是發明，闡述藥物原理；最後是附方，明確實際應用。若刪去藥方，便是僅有理論而無實際應用了。
唐代、宋代用紅色和墨色圈點區分古今內容，但長久流傳易生錯漏。如今既已刻印成書，直接在藥名與主治內容下方標注各家本草著作名稱，以便於查閱。
各家本草書籍中重複的內容予以刪除，存在疑問或謬誤的部分則加以辨明訂正，摘取其中精粹部分，分別在對應條目下注明原作者的姓名。這樣既能不掩蓋前人真實貢獻，又能讓學術是非有明確的歸屬依據。
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