碇唯給冬月耕造留下了一封信，信裡的內容隻有他知道，包括碇源堂在內的所有人甚至不知道這回事。
碇源堂消失了一周。沒人知道他去了哪裡，做了什麼。當他再次出現在眾人麵前時，冬月在辦公室裡找到了他。
冬月回想起碇唯留給他的那封信，對碇源堂說：“傷心在所難免，可不要忘記身負重任。”語氣嚴肅地提醒。
“我知道，冬月。”碇源堂坐在寬大的辦公桌後，陰影籠罩著他半邊臉，聲音平靜得可怕，“從今天起，我要推出新的計劃。我已經向基爾議長提議了。”
“難道是…”冬月微怔，冷汗冒出。
“沒錯，”碇源堂緩緩抬起頭，鏡片後的目光如同深淵，“就是那個未曾有人完成過的神話…”窗外，投下的陰影，如同一個傾斜的十字架，斜插在碇源堂的影子左肩，“人類補完計劃…”
…
2008年。這一年，赤木直子完成了劃時代的生物計算機係統——MAGI。而她的女兒赤木律子，也憑借自身耀眼的才華，被GEHIRN內定為E計劃的核心成員，踏上了與母親相似卻又截然不同的道路。
…
“我本來想去指揮所看看的…這裡真容易迷路啊…”年輕的律子對著通道口的安保人員抱怨，臉上帶著初入職場的生澀和一絲不易察覺的驕傲。
“要去指揮所的話，從這裡走。碇所長和赤木博士也在。”安保人員指了個方向。
…
指揮所內，氣氛凝重。巨大的屏幕上滾動著複雜的數據流。
“真的沒關係嗎？”赤木直子看著坐在主控席上、麵無表情的碇源堂。
“嗯，”碇源堂的聲音毫無波瀾，“對於自己的工作，我不會後悔。”
“胡說！”直子突然拔高了聲音，帶著壓抑的憤怒，“你是沒辦法忘記唯吧？！”
突然，她的語氣又變得異常溫柔，甚至帶著一絲誘惑與沉淪：“不過，我不在乎…”她走上前，極其自然地坐在了碇源堂的大腿上，雙臂環住他的脖頸，低頭。
碇源堂雙手放在椅子兩邊，隨後也攀上她的腰臀，回應著直子的吻，兩人相吻，隨後開始寬衣解帶…
遠處，好不容易找到指揮所的律子，站在高台之上，呆呆地看著這一幕。她隻覺得心裡有什麼東西“哢嚓”一聲碎裂了，冰冷的碎片紮得她生疼。但與此同時，一種新的、截然不同的感覺，在她心底悄然生根…
…
2010年。人工天蓋部，下層第二支援中心（預定地）。
巨大的施工機械轟鳴著，碇源堂與一個淡藍色頭發、穿著紅色連衣裙、踩著紅鞋，有著赤紅眼眸的小女孩，站在高空的平台上，透過腳下踩著的強化玻璃，俯瞰著此刻也顯得渺小的金字塔狀建築。
“這就是GEHIRN未來的總部。”碇源堂對身旁的小女孩說。
幼時的綾波麗麵無表情，隻是嘴角極其細微地向上牽動了一個像素點。
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