外界的海麵上，救援船隻的探照燈徒勞地掃過翻湧的墨色波濤。新聞播報員沉重的聲音在電波中傳遞：“…聖安奴號於昨夜遭遇罕見強風暴，不幸沉沒。據初步統計，大部分乘客已通過救生艇獲救，但仍有部分人員失蹤，包括數名訓練家少年…恐已凶多吉少…”
不知過了多久，小智在劇烈的頭痛和刺骨的寒冷中掙紮著醒來。他發現自己身處一個扭曲、潮濕、充滿鐵鏽味的金屬空間。冰冷的海水已經淹沒了腳踝，並且還在緩慢上漲。昏暗的光線透過破損的舷窗滲入，映照出漂浮的雜物和倒懸的、奢華不再的裝飾品。船體發出低沉的、令人不安的呻吟。
“呃…這裡是…”小智掙紮著坐起，環顧四周。小霞、小剛和水奈也陸續在附近蘇醒，渾身濕透，狼狽不堪，但都奇跡般地活著。皮卡丘虛弱地趴在小智身邊。
“我們…還在船裡？”小剛抹去臉上的水，聲音沙啞。
“船沉了…但似乎沒有完全解體，我們被困在某個氣密的艙室裡了。”水奈迅速判斷，儘管臉色蒼白，但眼神依舊銳利冷靜。她第一時間檢查了自己的精靈球，確認它們安然無恙。
“太好了！大家都還活著！”小霞帶著劫後餘生的慶幸，但隨即被環境的壓抑感籠罩，“可是…我們怎麼出去？”
就在這時，隔壁艙室傳來模糊的爭吵聲和某種撞擊聲。
“那邊好像有人？”小智警惕道。
話音未落——
轟！嘩啦——！！！
隔壁艙壁猛地被破開一個大洞！冰冷洶湧的海水如同決堤般狂湧而入！
“不好！”小智大驚，“海水灌進來了！”
“是哪個白癡乾的！”水奈丟出精靈球，迅速指揮，“醜醜魚，去看看情況！”
醜醜魚靈活地躍入渾濁的海水中。幾秒鐘後，它用嘴巴費力地拖拽著三個同樣被水流衝得七葷八素、嗆咳不止的身影遊了回來——正是火箭隊的武藏、小次郎和喵喵！
“咳…咳咳…得…得救了喵…”喵喵趴在濕漉漉的地毯上喘氣。
“火箭隊？！”小霞和小剛立刻擺出戰鬥姿態。
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武藏和小次郎也瞬間清醒，看到小智等人，立刻掏出精靈球。“真是冤家路窄！小鬼頭！這次看你們往哪跑！阿柏蛇\/瓦斯彈，準備…”
小智、小霞、小剛也毫不猶豫：“皮卡丘\/寶石海星\/小拳石，準備戰鬥！”
就在雙方劍拔弩張的瞬間，船體突然發出一聲刺耳的金屬扭曲聲，猛地向火箭隊所在的右側嚴重傾斜！
“哇啊啊啊！”眾人站立不穩，紛紛摔倒。寶可夢們也被這突如其來的失衡弄得東倒西歪。
“糟了！重量分布失衡了！”水奈瞬間明白，“小智！小霞！小剛！快收起你們的寶可夢！船要翻了！”
“可是收起來我們會被他們收拾掉的啊！”小智急道。
“笨蛋！”水奈厲聲嗬斥，聲音帶著不容置疑的威嚴，“現在不是爭鬥的時候！你想死在這裡嗎？如果想活著出去，就聽我的！收起來！還有你們倆！不想立刻淹死就照做！”
水奈的氣勢震懾住了所有人。小智三人對視一眼，咬牙收回了寶可夢。火箭隊也被這嚴峻的形勢和水奈的決斷嚇住，不情不願地收回了阿柏蛇和瓦斯彈。船體稍微穩定了一些，但依舊傾斜得厲害。
水奈站直身體，濕透的藍色長發貼在臉頰，但眼神如同深海明珠般明亮而冷靜：“聽好了！現在不是打架的時候！想活命，所有人必須合作！我曾經製作過聖安奴號的精密模型，我知道該怎麼走！”
眾人都驚訝地看著她。
“船現在完全翻轉了，我們所在的‘天花板’其實是原本的船底！”水奈指著上方厚重的金屬結構，“唯一的生路，是從最薄弱的地方——也就是原本位於船底，現在在我們‘頭頂’的某個位置，開一個洞出去！然後用水係寶可夢遊上海麵！”
“那…那我們現在在‘下麵’，怎麼去‘上麵’啊？”小智看著倒懸的樓梯和斷裂的通道，一臉茫然。
小剛觀察力敏銳，指著那倒掛下來的、斷裂的樓梯扶手：“有辦法！大岩蛇，出來吧！”紅光閃過，巨大的岩石蛇出現在傾斜的空間裡。“大岩蛇，用你的身體架在斷裂處，形成一座橋！”
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