隆隆隆——！！！
震耳欲聾的爆炸聲響起！炸藥被提前引爆了！巨大的衝擊波將幾人狠狠掀飛！天空中甚至升起了一小朵蘑菇雲！地麵劇烈震動，裂開了一道巨大的縫隙！
小智、水奈、皮卡丘，還有火箭隊三人，全都掉進了那道突然出現的裂縫之中！
緊接著，爆炸引發的震動使得旁邊的山岩大量碎裂、滾落，正好將他們掉落的洞口嚴嚴實實地封死了！
“小智！水奈！”跑到半途的小霞和小剛目睹了這一切，驚恐地跑到被堵死的洞口前。
小剛不敢置信地徒勞地推著巨石：“怎麼會發生這種事…”
小霞急得快哭了：“我們得快點救他們出來！”兩人開始拚命地徒手搬動那些較小的石塊，但對於巨大的封路石來說，隻是杯水車薪。
地下洞窟中，小智和水奈悠悠轉醒。周圍一片漆黑，隻有些許光線從石頭縫隙透入。
“皮卡…皮卡丘！”皮卡丘擔心地蹭著小智的臉。
“我沒事…水奈，你怎麼樣？”小智晃了晃腦袋。
“還好…”水奈站起身，檢查了一下自己和寶可夢，“火箭隊那三個家夥好像掉到別的地方去了。我們好像在一個很大的地下洞窟裡。”
水奈觀察了一下四周：“上麵被堵死了，暫時出不去。我們先四處看看，找找有沒有別的出路吧。”
兩人借著微弱的光線，摸索著向前走。沒想到，這地下別有洞天！他們竟然走進了一個巨大的、充滿古老氣息的地下遺跡！牆壁上刻滿了模糊的壁畫，描繪著一些他們似曾相識卻又有些不同的寶可夢——類似噴火龍、水箭龜、快龍等古代形態。
小智驚喜地辨認著：“快看！水奈！那是古代的噴火龍嗎？樣子有點不一樣！”
水奈則掏出了相機，仔細地拍下這些珍貴的壁畫：“這些資料很重要，出去後可以發給大木博士研究。”
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這時，小智又有了發現：“水奈你快看！那裡有一堆發光的…玻璃珠？”
水奈走過去查看，隻見地麵散落著一堆圓潤的石頭，裡麵包裹著類似基因螺旋狀的光絲，大多顏色單一且深邃，但其中有幾顆格外不同，呈現出夢幻的漸變彩色，仿佛蘊含著特殊的力量。
水奈仔細觀察後說：“這哪裡是普通的玻璃珠嘛…雖然不清楚具體是什麼，但感覺很特別。我們可以帶一些出去，問問大木博士。”
小智點點頭：“好！”兩人將那些彩色的、以及一些看起來比較特別的石頭小心地撿起來，裝進背包。探索完這個遺跡大廳，似乎沒有其他出路了，他們隻好原路返回，打算再想辦法從掉下來的地方突破。
剛回到最初掉落的大洞穴，就看見火箭隊三人組驚慌失措地從另一個通道跑過來，仿佛後麵有什麼可怕的東西在追趕他們。
小智疑惑道：“喂！你們三個跑什麼呢？”
三人還沒來得及說話，就聽見他們來的方向傳來密集的、令人不安的哢嗒聲和嘶嘶聲！
緊接著，一群外形古老、甲殼猙獰的寶可夢從黑暗中浮現！有化石盔、鐮刀盔、菊石獸、多刺菊石獸！它們的眼睛閃爍著不祥的紅光，充滿了攻擊性！
小智立刻拿出圖鑒掃描：
“菊石獸\/多刺菊石獸，漩渦寶可夢。被認為是幾萬年前滅絕的寶可夢，其生態一切都是謎。”
“化石盔\/鐮刀盔，甲殼寶可夢。同樣被認為是已滅絕的古代寶可夢，至今仍然有人認為它們可能活在某些地方。”
武藏和小次郎看到這些寶可夢，先是害怕，隨即狂喜地抱在一起：“太好了！是活生生的古代寶可夢！”
小次郎激動道：“我們…我們將要成為幸存的古代寶可夢的發現者而名留青史了！”
武藏幻想道：“老大對我們的評價也會大大提高！獎金！”
喵喵也流著口水：“這樣我吃的貓罐頭可以升級到最高級了喵！”
小智卻警惕地看著那些不斷逼近、發出威脅性嘶叫聲的寶可夢，提醒道：“可是它們對我們好像不是很友好的樣子！你們看，眼睛都充滿了血絲，好像脾氣非常不好的樣子！”
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