天空中，一隻羽毛如同冰晶凝結而成、散發著凜冽寒氣的藍色大鳥——急凍鳥——呼嘯而過。它所過之處，海麵迅速凍結，連空氣都仿佛要凝固了。天空，開始飄落大雪。
新聞持續報道著：“深層海流異常的中心，已經確認在橘子群島的亞西亞島附近！另外，觀測到全世界的寶可夢，都在不知為何地向著亞西亞島的方向移動！水係寶可夢渡海而去，不能渡海的寶可夢則集結在離亞西亞島最近的陸地上！”
而此時，一架新聞直升機正冒著風險，朝著亞西亞島飛去。機艙內，除了主持人，赫然還有大木博士、內木博士以及堅持要跟來的花子阿姨！
主持人將話筒遞給大木博士：“關於這個前所未有的現象，我們來請教一下大木博士和內木博士的意見。”
大木博士麵色嚴峻地分析：“傳說中，亞西亞島附近棲息著火之神、雷之神和冰之神。用科學的角度來分析，很可能就是冰之神的力量將海水冰凍，火之神的力量又將冰融化，這一凍一融，就形成了驅動海底的深層海流。然後，被攪拌的海水中，雷之神的電流發揮作用，能夠製造出生命的基礎——蛋白質！”
主持人追問：“那即是怎樣？”
大木博士沉聲道：“也就是說，三位神鳥的力量平衡，維持著深層海流的穩定流動，而這股海流，被認為是孕育出這個星球生命的關鍵！深層海流的中央，可以說是所有生命的故鄉！現在異變的原因，隻能是這三股力量的平衡關係，在某種形式上被徹底破壞了！”
內木博士補充道：“我們隻能認為，是寶可夢們預感到這個星球即將麵臨的滅亡危機。雖然以它們的力量或許做不了什麼，但正因為寶可夢們和這個星球的自然有著最緊密的聯係，它們才本能地感覺到非做點什麼不可，從而聚集在一起。”
花子阿姨緊緊握著雙手，焦急地看著窗外惡劣的天氣：“我家小智，還有水奈那孩子，就在這麼危險的地方……小智那孩子，既喜歡亂來又不顧後果，得意忘形的話還不知道會做出什麼……遇到危險可怎麼辦啊！”
此時的亞西亞島附近，已被冰雪覆蓋。一隻看起來睿智而淡定的河馬王，正站在島上一處古老的祭壇邊，抖了抖身上的積雪，望著混亂的天空和海洋，慢悠悠地歎了口氣：“傷腦筋啊……”
一夜過去，天色微亮。小智、水奈、小健、芙蘆拉以及火箭隊透過飛船的觀測窗，看著外麵一片冰封的慘狀。
武藏感歎：“哇……整個南方的海洋，居然都被凍住了……”
芙蘆拉則在研究著那些拓文，她輕聲念出上麵的古老文字：“火之神、雷之神、冰之神，不可擅自觸及。否則，天地的憤怒，將令世界走向毀滅……”
她的聲音帶著顫抖：“傳說……變成現實了。”
小次郎看著武藏，一臉茫然：“世界沒有了的話……能偷的寶可夢也沒有了。”
武藏愣了一下：“那我們會……”
喵喵絕望地接話：“失業啦！”
小智咬緊牙關，拳頭握得咯咯作響：“不行！必須做點什麼！”
水奈相對冷靜，分析道：“當務之急，是救出被關押的火焰鳥和閃電鳥！打破這個僵局！”
“沒錯！”小智立刻讚同，掏出精靈球，“大家，一起上！把這些籠子打破！”
“皮卡丘，十萬伏特！”
“噴火龍，噴射火焰！”
“傑尼龜，水炮！”
“妙蛙種子，飛葉快刀！”
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“阿柏怪，毒針攻擊！”
“雙彈瓦斯，汙泥攻擊！”
在眾人寶可夢的合力攻擊下，關押火焰鳥和閃電鳥的密封艙終於被破壞！兩隻神鳥脫困而出，發出憤怒的鳴叫，積攢的怒火讓它們立刻開始大肆破壞這艘囚禁它們的飛船！
轟隆！飛船被炸開一個大洞，外部寒冷的空氣灌入。同時，外麵正在與飛船周旋的急凍鳥，也加大了攻擊力度。
在三隻神鳥的內外夾擊下，巨大的飛行船不堪重負，冒著黑煙，朝著附近的雷之島迫降而去，最終墜毀在島上，徹底癱瘓。
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