“宇宙自然保護協會”成立後的一年裡，綠能技術在聯盟星域的應用成效顯著——破碎星區的星際牧草覆蓋麵積擴大了三倍，成為星際牧場；被虛空族破壞的藍星附屬星球，磁場通過綠能核心修複，重新恢複了宜居環境；甚至連原始星核區的新星核，都因綠能的滋養，能量波動變得更加穩定。
然而，一場突如其來的危機悄然降臨。這天，多個星域的綠能淨化站同時發出警報，綠能核心的能量輸出突然銳減，部分淨化站的核心晶體甚至出現了黑色腐蝕紋路。林夏接到報告時，正與綠星首領在守護星商議生態協同計劃，兩人立刻帶領技術團隊，前往最早出現異常的北航道綠能站。
抵達後，技術團隊檢測發現，綠能核心的腐蝕紋路中，藏著一種從未見過的“噬能微生物”——它們以綠能為食，繁殖速度極快，且能通過宇宙能量網絡快速傳播。“這些微生物不是自然產生的。”綠星首領看著顯微鏡下的微生物，臉色凝重，“它們的基因序列中，有明顯的人工改造痕跡，有人在故意破壞綠能係統！”
雲航得知消息後，立刻前往聯盟總部，調取近期各星域的人員流動記錄與能量異常數據。經過排查，發現噬能微生物的傳播源頭，指向了聯盟邊緣的“廢棄礦星”——那裡曾是暗影域的隱藏據點，雖被聯盟清理，卻仍有未被發現的暗哨。
林夏隨即帶領聯合艦隊前往廢棄礦星。礦星表麵布滿了廢棄的礦洞，艦隊在最大的礦洞深處，發現了一座隱藏的實驗室，實驗室的控製台前，幾名穿著黑色鬥篷的人正操作儀器，向宇宙能量網絡中注入噬能微生物的培養液。“是暗影域的餘黨！”艦隊成員厲聲喝道，立刻發起攻擊。
黑色鬥篷人見狀，啟動了實驗室的自爆裝置，試圖銷毀證據。林夏眼疾手快，帶領小隊衝進去，在自爆前奪下了培養液的樣本與實驗記錄。從記錄中得知，暗影域餘黨試圖通過破壞綠能係統，引發聯盟星域的生態崩潰，趁機重新入侵聯盟。
“必須儘快研發出抑製噬能微生物的藥劑！”返回總部後，林夏召集聯盟各文明的生物學家與綠星技術團隊，成立“抗噬能研究組”。雲航則帶領守護者小隊，在宇宙能量網絡中布設“能量濾網”，暫時阻止微生物進一步傳播。
研究過程並非一帆風順——噬能微生物的變異速度極快，普通的抑製劑剛研發出，就被微生物突破。就在眾人陷入困境時，雲航想起了守護星文明火種庫中的記錄：“上古時期，綠星文明曾用‘星核花粉’抑製過類似的噬能生物，或許我們可以嘗試！”
綠星首領立刻帶領團隊，前往綠星的“上古花粉庫”，提取出保存完好的星核花粉。研究組將星核花粉與綠能核心的能量結合，研發出一種新的“抗噬能藥劑”。當藥劑注入受損的綠能核心時，黑色腐蝕紋路迅速消退，核心的能量輸出也逐漸恢複。
為了徹底清除噬能微生物，聯盟艦隊與綠星的“植物戰艦”組成聯合小隊，對所有綠能淨化站進行藥劑噴灑，同時摧毀了暗影域餘黨在其他星域的隱藏實驗室。經過半個月的奮戰，噬能微生物被徹底清除，綠能係統恢複正常運轉。
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