指使手下非法運輸、儲存和處理高危放射性廢料。也承認了為了掩蓋此事，對可能發現秘密的林月進行了威脅和恐嚇，並默許、甚至間接暗示了手下可以“采取一切必要措施”讓其徹底閉嘴。但他仍然在做最後的掙紮，堅稱自己“沒有直接下令殺人”，是手下人“過度解讀”、“領會錯了意思”，“操作上出現了致命的失誤”，試圖將直接殺人的罪責推到已經無法對質的具體執行者身上。
然而，在法律上，這種“默許”和“間接故意”在造成死亡後果的情況下，同樣構成故意殺人罪。警方以涉嫌非法運輸、儲存、處理危險物質罪，重大環境責任事故罪，以及（間接）故意殺人罪（針對林月）等多項重罪，正式對周永昌執行了逮捕。冰冷的鐐銬鎖住了他的手腕，也鎖住了他試圖逃脫罪責的最後一絲幻想。
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