克複昆明的消息是八百裡加急送到南京的，隨之而來的還有馬士英的一封長信。
信的內容主要有三個方麵。
第一個方麵和有沐天波有關。
沐天波同意在平定沙定洲之亂吼將被沙定洲洗劫的黔國公府財富用來犒賞有功將士，同時還自願捐出黔國公府在雲南各地所擁有的良田五十萬畝，莊園八百六十處，以助朝廷。
信中盛讚沐天波為人忠義，識大體。
但同時，馬士英又寫了。
經他派人秘密探訪，黔國公在雲南，至少擁有土地一百八十萬畝，約占整個雲南可耕土地的一半以上。
而其所擁有莊田更是高達一千八百多處，遍布雲南一百二十餘個州府。
信中沒有明說，但言明這些土地所產之糧足可供養數十萬士卒。
朱由哲為此特意讓戶部查了文檔，曆代大明皇帝賞賜給黔國公府的土地加起來也就十三萬五千畝，其他的如何而來不言自明。
第二方麵內容是馬士英平定沙定洲的計劃。
馬士英打算借用土司的力量平定沙定洲，從而儘量保全朝廷派入雲南的大軍，為此不惜用重金作為賞賜。
另外，馬士英希望朝廷派出使者對石屏土司龍在田、姚安州土司高泰翟、麗江土司木懿進行封賞。
信中，馬士英言明了自己的理由。
石屏土司龍在田有忠義之心，且主動出兵參與平叛，協助沐天澤穩住滇西局勢，對朝廷有大功。
對其褒獎，重賞，彰其忠義，可樹立典型，利於朝廷後續平叛及將來之大業。
姚安州土司高泰翟在族內推行漢化，是朝廷將來推動的方向，也是將雲南徹底置於朝廷直接統治之下的必要一環。
麗江木懿是一個首鼠兩端的小人，對朝廷毫無忠心可言。
但麗江木府是太祖時期便樹立的忠義典型，輕易動他，不僅會使其他土司心寒，更損朝廷威儀。
馬士英的建議是給其機會。
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若在朝廷收複昆明後，木懿主動前來請罪，則對其既往不咎，並重新加以信用。
反之，則請求朝廷削其爵位，罷其官職，給予自己平叛之權。
馬士英向朝廷保證，半年之內，必掃其穴，滅其族。
在信中，馬士英還特意提到，朝廷短時間內不可能徹底解決雲南土司問題。短時間內，可儘量擴大三人勢力，對其著重栽培，將土司與朝廷之間的問題轉化為土司之間的問題。
第三方麵內容則比較雜。
馬士英談了雲南各方麵的勢力，以及自己所麵臨的諸多困難。按他信中說法，他有平定沙定洲的信心，也有使雲南變成大明西南穩定後方的決心。
但按照現有的條件，這些都可能耗費數年，甚至數十年之功。而目前張獻忠攻勢洶洶，四川前線以及廣西的求援信一封接著一封，朝廷想要短期內看到成效，必須給予他全力支持。
在信中，馬士英著重提了幾個要求。
首先，馬士英要雲南財政的獨立權。
十年之內，雲南將不向朝廷交一分一毫的賦稅，所得錢糧全部用來招募兵卒，犒賞有功將士，撫恤傷亡將士，以及收買各個土司。
其次，馬士英想要雲南的官員任免權。
馬士英請求朝廷將雲南官員的任免權交給他。武將，遊擊將軍以下；文官，知州以下。他可隨意任命和罷免。
而遊擊將軍、知州以上，他具有推薦權。
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