謙率領的水軍都束手無策的。劉毅兵馬士氣雖盛，卻在江陵城防麵前難以突破。
攻城進行到二十八日，劉毅依舊未能攻破江陵，反而損失兵馬近七千人，戰船在攻擊水門時被水下甕城所困，損毀三十艘大船。??§鹹<2魚?|看<書?] t±更§?<新1最>快??可謂損失慘重。
二十九日，劉裕率軍趕到。劉裕早已得知戰況，他對劉毅的擅自違背命令甚為惱怒，嚴厲斥責劉毅不聽命令的行為。劉毅自知理虧，倒也不敢爭辯，隻是表示自己想速戰速決，擔心敵軍增援抵達，貽誤戰機，並非是想違背劉裕的命令。
大敵當前，加之劉毅有功，劉裕倒也沒有過多的責罵。
當下大軍會合之後，研判了目前的局麵，定下破城之策。
九月初一清晨，劉裕效仿李徽攻京城之法，大量勸降傳單轟入城內，限令城中百姓天黑前全部撤離，否則當從賊論處。同時發布懸賞，凡殺死桓玄或者抓到桓玄者，賞萬金，賜萬畝莊田，加高官厚爵。借此以攪亂城中民心。
除此之外，劉裕更製定了詳儘的攻城計劃，調動大軍全麵布置，做好攻城準備。
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事實上，劉裕並沒有給城中的百姓太多的時間，他也沒有遵守等到天黑的諾言。他的粗製濫造但是數量龐大的攻城火器在午後時分便開始轟鳴，數以百計的火炮向著江陵城中猛烈轟擊，炸的城東一帶一片狼藉，引燃了大量的房舍，燒起熊熊烈火。
江陵城中的百姓本來還因為這幾天來守城有起色而心情稍定，對於劉裕的警告當成耳旁風。但當大量炮彈轟入東城，整個東城燃起大火的時候，他們才意識到問題的嚴重性。恐慌再一次彌漫全城，百姓們紛紛向著西城方向逃離。
但桓玄怎會放他們出城，派兵馬將他們攔阻在街道上。一時間滿城混亂，哭喊聲震天。
轟炸之後，便是大規模的攻城。一波又一波的攻城連續不斷。東城守軍壓力驟增，不得不從南城水門抽調兵馬前來增援
。好在水門有水下甕城，加之對方水軍這幾日損失慘重，桓玄等人判斷，劉裕應該是將進攻重點放在東城方向。
事實也確實如此，劉裕的在東城的進攻不斷，南水門的水軍卻一直不敢抵近進攻，數十艘戰船隻在江麵遊弋。
戰鬥進行到夜幕時分，東城尚未攻破，雙方都投入了大量的兵力。攻城方的傷亡巨大，死傷超過八千餘，東城城牆之下，屍體堆積如山。得益於從襄陽趕到的桓石康的一萬精兵的幫助，守城方倒也咬緊牙關守住了城池。
正當所有人都以為進攻方的進攻要偃旗息鼓的時候，位於南城水門處發生了驚天動地的爆炸。兩艘裝滿了劣質炸藥的小船借著夜幕的掩護，突入水甕城之中。城頭的守軍按照慣例以火箭射擊引燃，正好將船上滿載的火藥點燃。兩船炸藥，重量達數百斤之巨。爆炸之後，將水甕城以及水城門炸的四分五裂。水麵和水下所有的設施全部被摧毀，城牆都被掀飛了半邊。
大量的水軍乘機從水門攻入城中，江陵城瞬間告破。
劉裕心硬如鐵，他甚至沒有讓任何人感覺到，他在東城的猛攻其實是佯攻。付出數千人陣亡的代價，付出大量炮彈轟城猛攻城池的舉動其實隻是為了麻痹對手。給水軍偷襲南水門創造機會。確實，所有人的目光都聚焦在東城的戰鬥的時候，誰會意識到劉裕會來這麽一手。
水門爆破之後，劉裕的水軍衝入水門進入城內。得知消息的守軍登時大亂。桓石康強令之下，東城兵馬才得以保持秩序，桓石康命手下將領率三千兵馬前往南城增援。
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