部家、赤堀家等見織田軍勢不可擋，紛紛放棄抵抗，倒戈投降，主動獻上降表，表示願意臣服於織田家，聽從織田信長的號令。
一時間，北伊勢局勢發生翻天覆地的變化，除卻長島以及少數頑固勢力外，大部分支持本願寺的地方國眾，要麼被織田軍誅除，要麼被收攏，織田信長順利掌控北伊勢大部。此時，擋在織田信長麵前的，隻剩下中島將監據守的白山城不肯投降，成為包圍長島的最後障礙。
織田信長見狀，當即率軍對白山城發起總攻。白山城守軍雖然頑強抵抗，憑借著堅固城防，一次次阻擋著織田軍進攻，可終究寡不敵眾。不久後，白山城被織田軍攻破，中島將監戰死，守城士卒要麼戰死、要麼投降，這座不聽話的釘子終於被織田信長拔除。
至此，長島周邊障礙全部被清除，織田軍順利完成對長島的陸路包圍。可就在織田信長準備發起總攻之際，織田信雄那邊傳來壞消息——購船事宜屢屢受挫，隻買到一些狹小船隻，根本無法完成對長島的海路封鎖。
沒有足夠船隻，就無法切斷長島的海路補給，長島僧兵可以憑借海路不斷獲得補給，織田軍即便發起總攻，也必然會付出慘重代價。麵對這一尷尬局勢，織田信長陷入深深無奈，沒有海路封鎖，想要徹底攻克長島，幾乎是不可能的。
繼續僵持下去，隻會消耗織田軍的糧草，得不償失。可若是強行發起總攻，隻會讓織田軍再次遭受重大損失。權衡利弊之下，織田信長隻得無奈下令撤軍回返，暫停第二次長島征伐，等待時機，再圖長島。
可織田信長萬萬沒有想到，撤軍之路竟會如此艱難，一場突如其來的危機，正在悄然等待著他們。織田軍按照命令有序撤軍，可就在行至多藝山時，早已埋伏在周邊的本願寺僧兵，突然發起襲擊。
本願寺僧兵，狂熱善戰，悍不畏死，他們趁著織田軍撤軍，從四麵八方湧來，對織田軍發起猛烈進攻。更糟糕的是，就在僧兵襲擊的同時，天降大雨，傾盆而下，豆大雨點砸在地麵，濺起片片泥水，狂風裹挾雨水呼嘯而過，視線受到嚴重阻擋。
這場突如其來的大雨，給織田軍帶來致命打擊。織田軍的鐵炮隊由於雨水淋濕火藥，根本無法使用，失去了遠程攻擊的優勢。同時，大雨導致道路泥濘不堪，不僅阻礙織田軍行進，更切斷各部聯係，使得織田軍無法及時集結兵力組織反擊。
麵對本願寺僧兵的猛攻與漫天大雨，織田軍陷入混亂之中。士卒被雨水淋成落湯雞，渾身泥濘，視線受阻，根本無法看清敵人動向，隻能被動挨打。織田信長無奈下令，讓織田軍被迫與本願寺僧兵展開白刃戰。
由於織田軍是在撤軍途中，陣型散亂，再加上天降大雨，視線受阻，各部之間無法相互配合，使得負責殿後的隊列成為僧兵攻擊重點。織田信長此前委任家老林秀貞的兒子林通政負責殿後，掩護大軍撤退。
林通政深知自己責任重大，率領麾下士卒奮力抵抗，與本願寺僧兵展開殊死搏鬥。可終究寡不敵眾，再加上大雨阻礙，林通政奮戰後被僧兵討死，麾下士卒也大多戰死，殿後防線一度瀕臨崩潰。
另一個被安排殿後的越前國降將富田長繁，憑借著麾下猛將毛屋豬介的英勇表現，得以順利脫困。毛屋豬介膽識過人，在大雨之中奮勇殺敵，衝破僧兵包圍，為富田長繁開辟了一條退路。
這場突如其來的襲擊讓織田軍士氣大跌，織田信長在掩護下奮力突圍，有驚無險撤回了美濃國岐阜城進行休整。就這樣，織田信長精心準備的第二次長島征伐，最終虎頭蛇尾的宣告失敗，不僅沒有平定長島的本願寺僧兵，反而遭受了不小損失。
回到岐阜城後，織田信長心中充滿憤怒。第二次長島征伐失利讓他顏麵儘失，此次失利一方麵是因為織田信雄購船事宜受挫，另一方麵也與內部潛在隱患有關。為了穩定軍心，震懾內部，織田信長第一時間發令，嚴厲宣布：
誰敢內通長島的本願寺僧兵，無論是家臣還是地方國眾，一律以死罪論處，絕不姑息。
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