周鑣的倒台，如同推倒了第一塊多米諾骨牌，引發了連鎖反應。朱常沅的雷霆手段，極大地震懾了朝野，也使得靖安司的後續調查減少了阻力，得以更加深入和迅速地展開。
在朱常沅的明確授權和沐涵的直接指揮下，靖安司依據前期搜集的大量線索和證據，開始了大規模的深度清算。這場清算，不再局限於個別罪證確鑿的通敵大案，而是擴展到對整個官僚體係中具有東林-複社背景、且對新政持抵觸態度、或有潛在投降傾向的官員，進行係統性的清理。
清算的方式，也根據情節輕重，分為不同層次：
第一層次：嚴懲首惡，肅清核心。
對於像周鑣、吳夢白這樣證據確鑿的通敵要犯，處理毫不留情。周鑣在獄中經受不住審訊和壓力，很快供認了部分罪行，並牽連出數名與他有類似傾向的官員。三法司會審後，朱常沅朱筆一揮，核準了對周鑣的判決：“大逆不道，通敵叛國，罪不容誅！著即處斬，棄市三日，以儆效尤！家產儘沒，妻妾子女流放三千裡！”吳夢白在常州被捕獲後，也被迅速押解至武昌，經曆了類似的審判程序後，被處以極刑。這兩顆人頭落地，徹底宣告了永曆政權內部分“清流”勢力試圖腳踏兩隻船時代的終結。
第二層次：清洗骨乾，瓦解陣營。
對於那些雖未查到直接通敵證據，但思想頑固，長期非議新政，在周鑣等人周圍形成政治小團夥，起到骨乾作用的官員，朱常沅采取了堅決的清洗政策。都察院根據靖安司提供的材料，連續上本彈劾了十餘名此類官員，罪名包括“結黨營私”、“誹謗朝政”、“沮撓新政”、“屍位素餐”等。朱常沅一律準奏，或革職查辦，或降級遠調，或勒令致仕。一時間，禮部、翰林院、部分科道衙門為之一空，往日那種以清議自雄、抱團取暖的風氣被徹底打散。
第三層次：甄別警示，促其轉變。
對於數量更多、立場相對模糊、或隻是受風氣影響的一般東林-複社背景官員，朱常沅則采取了甄別和警示的策略。他通過都察院和吏部，對這批官員進行了一次大規模的“忠誠考核”。由沐涵的靖安司提供背景評估，吏部進行問話，重點考察其對《永曆考成法》的態度、對北伐大業的看法、以及對周鑣等人事件的立場。通過這次考核，一方麵篩選出可能可用的官員，另一方麵也對所有相關人員進行了嚴厲的敲打。朱常沅甚至親自召見了一批人，當麵訓誡，要求他們“洗心革麵，順應潮流”，將精力投入到實務之中。
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在這場席卷朝野的清算風暴中，朱常沅也並非一味蠻乾。他深知，不能將整個士大夫階層推向對立麵。因此，在嚴厲打擊東林-複社殘餘勢力的同時，他大力提拔和表彰了一批務實肯乾、支持新政的官員，無論其出身如何。例如，原戶部主事嚴起恒（非東林背景），因在推行考成法、整頓財政中表現出色，被破格擢升為戶部尚書；一位在偏遠州縣興修水利卓有成效的知縣被直接調入工部任職。這向所有官員傳遞了一個明確信號：朝廷看重的是“實乾”而非“清談”，是“忠誠”與“能力”而非“出身”與“背景”。
與此同時，針對錢謙益的處理，則更顯政治智慧。朱常沅並未將其處死（畢竟其通敵的直接證據不如周鑣確鑿，且其在江南遺民中仍有不小影響），而是采取了“社會性死亡”的策略。朝廷將其劣行刊印成《錢謙益叛國劣跡錄》，詳細列舉其先後依附閹黨、降清、又暗中勾結洪承疇等事實，分發各地官學、書院，令其斯文掃地，身敗名裂。對其家產的查抄，也極大地削弱了其經濟基礎和社會活動能力。這種處理，既嚴懲了首惡，又避免了過度刺激江南士林，分化了潛在對手。
經過這一場秋風掃落葉般的深度清算，永曆朝廷的風氣為之一變。空談誤國的習氣受到沉重打擊，務實肯乾的精神得到倡導。潛在的投降主義傾向被有效遏製，朝廷的意誌和政令得到了空前的統一。雖然不可避免地造成了一些人才流失和短期動蕩，但從長遠看，為即將到來的全麵北伐，奠定了更為堅實和純粹的政治基礎。朱常沅的鐵腕，在這一刻，展現出了其作為亂世雄主的必要冷酷和深遠謀略。
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