永曆九年夏秋之交，清廷在軍事、經濟上的瘋狂反撲，並未能立即扭轉江南的敗局，反而像一劑猛藥，其劇烈的副作用開始在帝國肌體內部迅猛發作。外部的壓力如同一麵鏡子，照出了這個依靠武力粘合起來的政權內部，那深藏已久的裂痕與矛盾。滿漢矛盾、皇權與攝政王的權力之爭，在這空前危機的刺激下，急劇激化，形成了洶湧的暗流。
多爾袞為籌措軍餉、安置八旗而推行的“圈地令”和“投充法”，主要受害者是北方的漢人百姓乃至中小地主。這種赤裸裸的掠奪，不僅激起了民變（如山東於七起義初現端倪），更讓朝中的漢人官員感到唇亡齒寒和極大的屈辱。
一日朝會，都察院一位漢人禦史龔鼎孳（後降清）冒著風險上疏，委婉地提出：“……圈地投充，雖解燃眉之急，然恐失天下之心。百姓失業，鋌而走險，恐非國家之福。可否稍寬其禁，以示皇上浩蕩之恩？”
話音剛落，滿洲權貴鼇拜便厲聲打斷：“放肆！天下乃我滿洲勇士血戰得來！些許田宅，賞賜八旗，乃天經地義！漢人百姓，能得活命已是恩典，安敢妄議國政？爾等漢官，莫非心向南蠻？”
此言一出，殿內漢臣皆麵色慘白，噤若寒蟬。龔鼎孳更是嚇得跪地請罪。多爾袞雖未當場發作，但眼神冰冷，顯然對漢官的“不識時務”極為不滿。退朝後，他私下對心腹道：“漢人終不可信！用其才，亦需防其心！”猜忌的種子，愈發深種。此後，漢官在軍政大事上更加謹小慎微，但內心的離心力卻在悄然增長。洪承疇在南方前線，也頻頻受到滿人監軍的掣肘，用兵難以施展。
順治皇帝年歲漸長，對皇叔父多爾袞長期獨攬大權日益不滿。此次江南慘敗，正給了順治及其母後孝莊文皇後（布木布泰）聯合反對派勢力向多爾袞發難的絕佳機會。
以鄭親王濟爾哈朗、巽親王滿達海為首的宗室親王，本就對多爾袞的專橫跋扈心存芥蒂，此時便時常在順治麵前或小範圍議事時，含蓄地指責多爾袞“戰略失當”、“用人不明”，才導致江南大局糜爛。他們試圖將軍事失敗的責任引向多爾袞的個人決策。
一次禦前議政，商討由誰出任新的江南統帥時，濟爾哈朗便建言：“豫親王（多鐸）新敗之餘，恐難當重任。是否可議他人？”此言暗指多爾袞任用親弟多鐸不當。
多爾袞豈是易與之輩？他立即反擊，將矛頭指向具體將領：“江南之失，罪在哈哈木、管效忠等守將無能怯戰！我已嚴懲！如今用人之際，正當倚重親信！豫親王久經戰陣，乃不二人選！”他憑借多年經營的權勢，強行壓下了異議，但仍感到皇座旁那冰冷的視線。
退入後宮，孝莊太後亦對順治帝諄諄教導：“皇帝日漸成年，當知為君之道。天下者，非攝政王一人之天下。江南之敗，正是曆練之機，需學會觀臣下之忠奸，攬治國之權柄。”順治默然點頭，眼中閃爍著與年齡不符的深沉。
麵對爛攤子，清廷高層在戰略上出現嚴重分歧：
激進派（以多爾袞、多鐸為代表）：主張不惜一切代價，集中主力，儘快南下與永曆軍決戰，奪回江南。認為拖延隻會讓南明坐大。
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穩健派（以濟爾哈朗、部分漢官為代表）：認為當前兵力不足，士氣低落，應暫取守勢，穩固北方，特別是黃河防線，消化已占之地，同時利用政治手段分化瓦解南明陣營，待時機成熟再圖南下。
消極派（部分被嚇破膽的滿洲貴族）：甚至暗中流傳退守關外，保有遼東“龍興之地”的論調，雖不敢明言，但影響了部分人的心態。
這些爭吵使得清廷的決策效率低下，政令時常前後矛盾。多爾袞雖能憑借權威強行推動其主張，但執行的阻力巨大，內耗嚴重。
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