“糧倉案”的成功告破，讓專案組聲名大噪，受到了中央領導的高度肯定和公開表彰。祁同偉作為核心功臣之一，名字再次出現在內部嘉獎通報上，風頭一時無兩。
然而，榮譽的光芒尚未褪去，陰冷的暗箭便已射來。
關於祁同偉“辦案程序違規”、“擅自通過非正常渠道跨境調證”、“其個人資產來源不明、與境外關係複雜”的匿名舉報信，如同精準投放的病毒，迅速在紀委係統和檢察係統內部小範圍流傳。
舉報信內容翔實，列舉了他在“糧倉案”中繞過正常國際合作程序、通過“私人關係”聯係香港方麵凍結賬戶的行為，並暗示其擁有巨額海外資產，生活奢侈（列舉了他北京公寓的地段和租金），質疑其一個普通乾部如何能負擔得起，並影射其可能與某些“境外勢力”有牽連。
這封信極其惡毒，抓住了幾個關鍵點：一是辦案程序問題，可大可小；二是境外關係，極其敏感；三是財產來源，是打擊乾部的慣用手段。而且時機選得恰到好處，在他立功受獎、最引人注目之時，最大化殺傷力。
祁同偉很快感受到了周圍的異樣。一些平時還算客氣的同事，目光變得閃爍和疏離；一些會議，他不再是當然的參加者；甚至秦處長找他談話時，語氣也帶著幾分凝重和欲言又止。
“同偉，最近…有些關於你的反映。”秦處長說得比較委婉，“主要是辦案程序和一些個人情況方麵的。組織上可能會進行必要的核實。你要正確對待，相信組織會給你一個公正的結論。”
祁同偉心中冷笑，麵上卻平靜如水：“處長，我接受組織任何審查。辦案過程中的所有行為，我都留有記錄和請示痕跡，可以接受最嚴格的檢驗。至於個人財產，我的每一分錢都來自合法投資所得，經得起調查。”
他早有預料，也早有準備。他立刻回到辦公室，將自己辦案過程中的所有工作筆記、請示報告副本、領導批示等整理成冊。同時，他讓香港的律師準備好他海外投資的法律文件、納稅證明以及資金來源的清晰說明（當然是經過合法化處理的版本）。
調查組很快進駐。談話、查賬、核實……流程一絲不苟，氣氛嚴肅。祁同偉極度配合，問什麼答什麼，需要什麼材料提供什麼材料，態度不卑不亢。
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調查的重點果然集中在“違規跨境調證”和“財產來源”上。
對於第一條，祁同偉出示了當時緊急情況下向秦處長口頭請示並獲得同意的記錄（秦處長予以證實），以及事後補交的書麵報告。他解釋道，當時情況緊急，若走正常國際司法協助程序，資金極可能被轉移，是國家利益的巨大損失，采取緊急措施情有可原，且最終結果證明措施有效。調查組對此未置可否，但記錄在案。
對於第二條，祁同偉坦然承認自己確實在進行海外金融投資，並出示了相關法律文件，證明其啟動資金來源於早年發表文章的稿費、獎學金以及在國內成功的商業投資（隱去了具體規模和操作細節），並強調所有投資行為均符合國家當時的外彙管理規定，依法納稅。他甚至提供了香港律師的聯係方式供核實。
調查持續了將近一個月。這一個月裡，祁同偉承受著巨大的心理壓力。他雖然問心無愧且準備充分，但也深知人言可畏，很多事情並非黑白分明。他再次體會到了權力場中的險惡和無奈。
然而，令他意想不到的是，這次調查，也並非全是壞事。
他的坦誠和準備的充分，給調查組留下了“思路清晰、行事有據、財產狀況相對透明”的印象。更重要的是，他在“糧倉案”中的巨大功勞是實打實的，高層惜才之心仍在。
調查後期，風向開始微妙變化。一位參與調查的紀委領導私下對秦處長說：“老秦，你這個小祁，是個人才，就是膽子太大，路子太野，得好好打磨打磨。不過，舉報信裡說的那些事，查無實據，至少目前看，大的原則問題沒有。”
最終，調查結論出爐：祁同偉在辦案中確存在簡化程序的問題，但事出有因且結果良好，建議予以批評教育；其個人財產來源清晰，投資行為在當時政策法規允許範圍內，未發現違法違紀問題。
一場風波，看似有驚無險地過去了。
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