西廠受司禮監領導，提督由司禮監秉筆太監兼任。設二局二司三大隊，授三直轄官。
所謂二局，即西廠的兩個次級行政單位，執行局與稽查局。而二司則是稽查局下轄的外稽司和內稽司。
聖旨開廠前，“臨時西廠”隻有執行局。聖旨開廠後，稽查局才正式掛牌開衙。
執行局暫編三個執行大隊。每個大隊下轄81個12人小隊，並設若乾斥候騎兵隊。主要任務是外駐廠衛和領旨拿人。此外，如果聖上有特旨，還可能接受外派協助欽差。此間，欽差暫領外派執行部隊的最高指揮權。
稽查局是文職機構。其中，外稽司負責對廠衛、內官二十四衙門的監察活動；而內稽司則專事對西廠內部的監察。監察的項目包括：任務執行過程、月度財務流水、官員上任前的政審、官員卸任後的清查。
西廠提督、稽查局局長、外稽司司長合稱西廠三直轄官，由皇帝本人任免。
執行局局長由西廠提督疏請司禮監上奏皇帝同意。可由廠督兼任，也可另選宦官擔任。目前，執行局局長由提督西廠魏忠賢兼任。
稽查局局長不由宦官擔任，而由皇帝親自揀選的妃嬪擔任。由於該妃嬪掌內官監察、權勢極重，所以在後來稽查局局長也被稱為，繼皇後和太子生母之後的“第三宮”。為防止後宮乾政，“第三宮”晉升皇貴妃或生子後自動卸任。
內稽司司長由稽查局局長奏請皇帝同意，可由局長本人兼任，也可另選宦官擔任。目前，內稽司司長由稽查局局長米夢裳兼任。
外稽司司長仍由宦官擔任，但不由廠督和稽查局局長任免，而由皇帝本人任免。
外稽司司長是西廠三直轄官裡唯一一個通過考試揀選，並且有任期的職位。
司長經兩試得任。第一試為筆試，每六年一次。僅限實際年齡在14到18歲之間的小黃門參加。筆試成績前三進入麵試，麵試在乾清宮南書房舉行，考官有且隻有一個。
“西廠外稽司司長試”是目前為止從小黃門到太監最短、最快的升遷路徑，如有幸得中，則一步登天。即使六年之後卸任，也會被分配內官衙門中的機要位置。
如果在職期間表現優異，既受到皇帝的器重，又得到司禮監掌印的推薦，那麼直接進入司禮監擔任秉筆也不是沒有可能。
原則上，西廠三直轄官每半年麵聖述職一次。但實際上，隻有外稽司司長需要嚴格執行這一規定。因為提督是秉筆太監，每天都要去皇帝那裡侍候，而稽查局局長則多是皇帝的寵妃......
目前，掌西緝事廠稽查局外稽司大印的掌印太監，是“南書房清賬小組”中年紀最大，同時也是最聰明的“全流程核驗員”王承恩。
王承恩今年十四，北直隸順德府邢台縣白岸鄉白岸口村人。他淨身入宮的理由和絕大多數小黃門一樣，都是家貧還多生。為了減掉一張吃飯的嘴，也為了給家裡謀一個發達的可能性，王承恩的父親隻能花錢找門路將幼子送進宮當宦官。
王承恩天資聰穎，有一目十行、過目不忘的本領，在王安親往內書堂為米才人揀選學生的時候一眼就看中了他。就連王安的隨侍太監曹化淳也對他青眼有加。
王承恩不是考上司長的，因為米才人一共就帶了六個學生，全部塞進稽查局也填不滿裡邊兒的缺。為了儘快讓西廠動起來，朱常洛隻對這個六個小黃門進行了簡單的一對一麵試。六場麵試加起來隻花了不到兩刻鐘。
其中表現得最好的就是王承恩。雖然他對監察、製衡等概念依舊沒有一個十分明晰的理解，但也總算是卑亢有度，對答如流。和那些與皇帝單獨相處就怕得渾身發抖，話都說不利索的小黃門比起來，他要好得多。
“你叫王承恩？”
“回聖上，奴婢叫王承恩。”
“很好。”
皇上好像不是在說自己答得好，而是在說自己的姓名好。每當王承恩回想起單獨麵聖時的情景，他就會想起聖上嘴角那略帶讚許的微笑。
“司長，人帶來了。”外稽司雖是文職機構，但仍配備了一個總旗的兵力供司長支配。
“好的，謝謝。”王承恩新官上任，沒有經驗，加之前來彙報的人看起來差不多能當他的爹了，所以他下意識地說了聲謝謝。
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