此次軍製改革的的另一個目標，便是徹底根治明代營兵編製混亂，「一營人數從數千到上萬不等」的長期積弊，實現軍隊在補給、調度、戰力等各方麵的標準化與精準化。
就從三大營來講，每個的名字聽起來那都是如雷貫耳，結果呢？整個京營最後連三萬能打的都挑不出來。
就連朱由校剛看到京營的編製的時候，他腦瓜子都是嗡嗡的，更不要提那些個大頭兵，隻認識自己的小旗、或者總旗，出了門連直屬將領都認不清楚，一旦戰事失利，自然兵敗如山倒，潰散難收。
不止如此，隨著係統煉鋼廠的產量飆升，他還參考後世的經驗，準備為每個士兵配發身份銘牌，軍官的銘牌則依等級區分形狀、製式，並刻錄編號。
這樣既便於統計戰功、收殮遺體，也可以明確在不同部隊混合作戰時的指揮權歸屬。有助於朝廷核實員額，從根本上杜絕吃空餉的腐敗的痼疾，提升在複雜戰場環境下的指揮效率與應變能力。
同時，現有軍事單位的指揮體係也頗為雜亂，諸如衛所軍的「軍、都司、千戶、百戶、總旗、小旗」與京營、邊軍體係中的「千總、把總」等稱謂並存，體係交錯，權責不清。必須藉此改革之機，予以統一規範。
他心中已有一套完整的整編方案：將天樞軍、天策軍、天武軍、天威軍授予禁衛軍的正式番號，經過上述擴充之後，分別為禁衛軍第一軍至第四軍。
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原京營的六萬人，則由補充三萬係統兵員，進行混編改組，形成第五軍和第六軍。原本直屬皇帝的禁衛軍六萬人，亦照此模式擴充整編為第七軍和第八軍。
整編後，係統出身的士兵將在全新禁衛軍中保持約六成的穩定比例，如此足以牢牢掌握部隊、徹底貫徹他的意誌。
在編製體係上，將進行徹底革新，禁衛軍，與各都督府下屬戰兵統一劃分為軍、師、營、連、隊、伍這清晰的六級結構。
禁衛軍的一個軍，定額五萬餘人，下轄三個齊裝滿員的師；
而一個標準師，定員一萬五千人，下轄一個師直屬營、五個帝國燧發火槍營、一個刀盾擲彈兵營、兩個胸甲騎兵營、帝國陸軍炮兵營；
一個營定員一千兩百人，下轄五個隊；
隨著他的整頓軍隊編製的想法逐漸清晰，係統的界麵上立刻出來了相應的反饋：
【叮！】
【檢測到宿主需求，新增優化編製方案】
】製建軍禁國帝明大【
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