馮錫範的第一艦隊朝馬尼拉灣方向靠近，外海西班牙的警戒艦發現便連忙通報，港內的西班牙艦隊立即駛出迎戰，兩軍甫一接戰，馮錫範便令一、二戰隊向西朝海南島三亞方向撤退，留下自己的旗艦與第三戰隊繼續作戰，這個舉動讓西班牙艦隊指揮官認為排灣軍艦隊懼戰，才會不顧旗艦指揮官安危，自行撤退，便下令各艦朝馮錫範旗艦猛烈炮擊，馮錫範這時才命令第三戰隊也隨同西撤，西班牙艦隊不疑有他，便全數追擊馮錫範。
而劉國軒的第二艦隊則帶領著陸戰隊登陸船團向馬尼拉灣接近，而施琅的特種部隊已先行進入呂宋島東部海域，勘查地形與偵搜敵軍兵力部署、彈藥存放等特種作戰先期準備工作，掌握敵軍詳細情資。第二艦隊進入馬尼拉灣時與西班牙的岸炮互相駁火射擊，西班牙士兵一見排灣軍艦隊的規模，認為排灣軍要進行登陸，便趕緊通報馬尼拉城的總督派兵增援，城內的西班牙守軍便隻留下總督府的一個警衛連及負責城門守備的一個守備營留守，總兵力不超過七百人，而施琅率領的兩個陸戰隊偵搜營就已經超過一千人，全體隊員均是由台灣高山族勇士徵選而來，經過半年山地、水中、體能、爆破等嚴格訓練後，通過結訓測驗的勇士才能成為隊員。
施琅趁夜幕低垂的深夜展開代號“俘酋”行動，偵搜一營的勇士潛伏至馬尼拉城邊，這馬尼拉城屬西班牙式建築，目的隻是西班牙做為殖民之用，因此隻是簡易的阻絕土著進入，已土石堆累用以防禦，拱衛居中的總督府，偵搜一營第一排戰士以無聲武器襲殺東牆的警戒士兵，掩護第一營各連進入，第二營則在東牆外埋伏，伺機策應。第一連第一排繼續前進，找尋西班牙彈藥庫存放位置，執行爆破，二、三排則潛入總督府執行俘酋任務，而第二第三連則分由左右兩側襲殺警戒兵，控製邊牆及堡壘。
突然一聲轟天巨響，伴隨著衝天巨焰，第二、三排則趁西班牙軍對突然變故不及反應之際，射殺總督府的警衛士兵，直接進入總督府逮補西班牙總督，而施琅在城外一看，便知道第一營已經成功得手，便命第二營進入城內協同第一營掃蕩西班牙軍，西班牙軍這時除部分兵力趕往救火外，其餘的士兵則趕往城牆堡壘，進入戰備位置，結果一靠近牆邊便遭遇排灣軍射擊，隻得退回總督府防禦，西班牙軍這時才發現遭到排灣軍襲急，西班牙軍指揮官便趕緊進入總督府，準備向總督報告軍情，結果在總督府大門卻看到總督被排灣軍夾持走了出來，口中不斷以西班牙語要求部隊棄械投降，西班牙軍見狀便將武器放下，高舉雙手投降，接著便要求岸防部隊全部投降，施琅便將敵軍全數繳械，控製在城內，隨即派人至海邊施放信號煙火，劉國軒見狀便命陸戰登陸船團開始登陸，占領岸際各碉堡炮台，控製了整個馬尼拉灣，施琅也命西班牙總督要求艦隊返回投降，西班牙總督無奈下隻得放出信鴿下令艦隊返回。
西班牙艦隊指揮官接到命令後大驚，隻得連忙率艦返航，馮錫範艦西班牙軍調頭又命各戰隊集結，由三亞灣調頭，尾隨西班牙艦隊，西班牙艦隊進到馬尼拉灣附近時，見到外海陳列的排灣軍第二艦隊，便相信總督府真的淪陷了，便令各艦懸掛白旗以示投降，並在排灣第一、第二艦隊的警戒下，進入馬尼拉港。
鄭成功接獲捷報後，便率陳永華前赴馬尼拉接受西班牙請降，鄭成功與西班牙總督在馬尼拉城簽訂受降條約:
一、承認呂宋島及周邊列嶼群島，均為中國之領土及管轄範圍。
二、凡屬西班牙籍軍民均可攜帶個人財物返國，庫存之金銀財寶、武
器及當地所獲之奴隸，不在此限。
三、西班牙之武器、彈藥及武裝艦船，均應繳由中國。
四、中國將派武裝艦隊將西班牙軍民護送遣返。
五、對之前殺害、剝削、強奪我中國旅居當地僑民，均需支付賠償金，
可由庫存中金銀折抵，不足將以西國人留下服勞役折抵。
西班牙總督表示，相關條文僅能以其職權簽訂，除第一條需本國皇帝認可外，其餘均可接受，於是鄭成功上書朝廷，請遣使與西班牙交涉，便將西班牙總督監禁，等候朝廷旨意。仲坤賢與內閣商議後，便傳旨要開戰而暫駐英國的西班牙的特使返回西班牙交涉，並將呂宋島劃為靖海王封地，由鄭成功按帝國憲法治理，並派遣理蕃司官員駐呂宋島，另由華南軍區派出少將接替靖海王鄭成功的呂宋島駐軍指揮權。
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