朱由檢對於萬曆的思路可謂是不認同的，覺得其過度依賴曆史經驗，缺乏前瞻性。萬曆以嘉靖年間倭寇之亂、礦監稅使失敗等曆史教訓為由，全盤否定新政策的可能性，忽視了時代變化和製度創新的潛力。
他將海外貿易簡單類比為開門揖盜，殊不知這完全是他不正當處理導致的，國庫見底後，萬曆不願加派田賦，怕農民反，便打“關市”主意。
萬曆二十四年頒《礦稅詔》——“以礦稅助大工”，賦予中使“便宜開采、征收”之權；
同年再下《市舶歸內監諭》——把原來由地方布政司抽解的“商舶稅”一並劃給內監。
皇帝繞開戶部、兵部、督撫，直接派礦稅內監到沿海：高采（福建）、陳增（廣東）、李鳳（廣西兼廣東）、楊榮（雲南）、高淮（遼東）等，太監們一身兼三職監稅！
太監一手掌握了商稅、金銀銅礦、海外貿易抽分，可以說財權異常強大！
就拿福建的高采為例，皇帝缺銀子，他們本就是為了給皇帝撈銀子而去的，但內監手裡缺船、缺航海圖，於是“招商帶引”——誰肯出海幫皇家弄錢，就給“欽差船引”免關稅。
於是當時高采當時再拿皇家“敕諭”去騙外商，向荷蘭人收三萬兩保證金，許諾澎湖互市。
荷蘭東印度公司正愁打不開中國口岸，立刻就順杆往上爬。
結果簽完後荷蘭船長韋麻郎開船高高興興的來，結果被巡撫徐學聚設法驅回，以清海徼，把荷蘭人驅逐了。
給荷蘭人氣的不輕，當時做生意都有武裝商船，於是荷蘭人又跟大明乾了一仗，最後荷蘭人年年都來，最後更是萬曆三十七荷蘭占澎湖築城。
最後還是在天啟二年明遣總兵俞谘皋渡海收複，築紅毛城炮台，荷蘭退往台灣告終！
可以說在朱由檢看來簡簡單單的事，自己皇祖搞的一團糟，萬曆為了要銀子，直接派人就去，完完全全沒有一個好的規劃。造成的結果就是製度層麵內監係統與督撫係統雙軌並行。
一個欽差太監、一個巡撫，互不統屬，法令對衝；地方官依法要拒夷，太監卻私給船引招夷，政策自我打架。
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戶部、兵部被踢出局——財權、兵權都在太監手裡，地方無力“統籌”，隻能左右支絀。
人事層麵太監身受皇命：得把皇上要的銀子立刻押解進京，於是“招商—賒引—收賄”速成，太監們都隻關注快速來銀子的招數至於對於以後得發展等等都閉眼不看！地方官有海防壓力：寸板不得下海、夷船不得入內洋，二者目標天然衝突。不是地方阻撓貿易，而是太監用皇權壓地方，逼地方開門揖盜；
地方為了免責，又不得不“閉門驅盜”，兩頭受氣。
結果到了最後就是太監完成不了數字，就誣“撫按不作為”；撫按為了止禍，就劾“太監勾夷釀釁”；皇帝兩頭和稀泥：既收太監的銀子，又留中撫按的奏章！
朱由檢乾脆回答道：“皇祖父聖明，洞悉人心私欲、官僚惰怠、外敵詭詐、天時無常，確為治國之難。然孫兒以為，這四者非必為阻，亦可為用。”
“人心之私，恰是驅動之力。西夷商賈跨海求利，正因私欲驅使，方能不畏風浪、開拓航路。朝廷不必禁絕私欲，而應以法度駕馭之：設清晰稅則，使商賈知利之所在；立嚴明律條，使貪官知罰之可畏。私欲如江河，堵則潰決，疏則灌溉——關鍵在朝廷築好堤壩、開好渠道，則私利可彙成公利。”
“官僚之惰，實因激勵不足。若海貿之稅與地方考成掛鉤，漕運衙門能從合法貿易中分潤，則惰者自會轉為勤者。可設‘海績簿’，凡促進貿易、稅銀足額者，記錄升遷；凡盤剝走私、敗壞規章者，嚴懲不貸。以利驅之，以法束之，惰性可化為效能。”
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