朱由校回到北京，料羅灣大捷的喜悅尚未完全散去，來自海上的潛在威脅和內部的不同聲音，便已悄然浮現。這一日，關於是否進一步調整，甚至部分放開“海禁”政策的爭論，在文華殿的日常閣議中爆發了。
首輔韓爌持重，率先開口：“陛下，澎湖、料羅灣兩戰，揚我國威，海疆暫靖。然沿海之患，非僅外夷。若因勢利導，廣開海貿，固然可增稅餉，然恐民間私通外番者更眾，良莠不齊，勾結倭寇、西夷，反生內亂。太祖皇帝立下海禁祖製，實為固本培元，防微杜漸之上策。”
他是傳統士大夫的代表，認為農業才是國家根本，穩定的社會結構重於一切，海外貿易帶來的不確定性和風險難以控製。
兵部尚書王在晉則從軍事角度提出異議：“首輔之言固然有理。然現今之勢，已非洪武年間。紅毛夷、葡萄牙夷等盤踞海外，船堅炮利，其誌不小。我大明若無強大水師，則海防如同虛設。興建水師，耗費巨大，若無海貿厚利支撐，僅靠田賦、鹽課，國庫恐難以為繼。且若能以官方掌控海貿，引導商民，既可充裕軍費，亦可監控海上動向，杜絕私通，豈不勝於一味禁絕？”
他的觀點代表了務實派，看到了海軍建設與財政，以及控製海洋之間的聯係。
戶部尚書也附和道：“王尚書所言甚是。去歲僅廣州、泉州兩市舶司所收關稅，已頗為可觀。若能規範管理，擴大貿易品類和規模，歲入倍增亦非難事。且南洋諸國所需之瓷器、絲綢、茶葉，皆我大明豐產之物，若能官營主導，利國利民。”
爭論的焦點在於“開”與“禁”的尺度，以及官方在其中扮演的角色。
朱由校靜靜聽著臣子的辯論，心中早有定計。徹底的開放不符合當前國情，但頑固守舊更是取死之道。他需要的是一個既能汲取海洋利益，又能將風險控製在最小範圍內的策略。
待幾位重臣爭論稍歇，朱由校才緩緩開口：“諸卿所言，皆有道理。海禁祖製，不可輕廢，乃是為了防內亂，固國本。然則，時移世易，西夷東來，海上已是紛爭之地，我大明不能自縛手腳，坐視利權流失，邊患滋生。”
他頓了頓，目光掃過眾人：“朕意，秉持‘官營主導，有限開放，嚴加管控’之原則。其一，擴大廣東、福建、浙江三地市舶司規模，增設定點貿易港口，但所有出海貿易之大明商船，必須由市舶司頒發‘特許勘合’，嚴格登記船主、貨物、航線、水手。無勘合者，以通番論罪。”
“其二，鼓勵民間資本以‘合股’形式，參與由市舶司組織的官方貿易船隊，利益按股分配，風險共擔。但嚴禁民間私造大船，遠航外洋。”
“其三，由朝廷組建‘皇家海運’商號，專營與東西二洋之重要物資貿易，如采購南洋檀木、硫磺，西洋火器、書籍等，所得利潤，專款用於水師建設及軍工製造。”
“其四，嚴查沿海私港、窩藏走私之豪強，一經發現，從嚴懲處。各水師衙門需負起稽查之責。”
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