皇帝的旨意連同對有功人員的封賞名單，以八百裡加急的速度送到了尚在台灣的鄭芝龍和周鼎臣手中。鄭芝龍因戰功卓著，加封太子太保銜，賞賜極豐；周鼎臣辦理軍需、參與受降、協理民政有功，擢升為福建布政使司右參議，兼領台灣府首任知府；其餘將士各有升賞。
聖旨明確設立台灣府，隸屬福建布政使司，這標誌著台灣正式被納入大明的行政體係，而不再僅僅是軍事占領區。
鄭芝龍與周鼎臣不敢怠慢，立刻開始著手台灣府的籌建工作。首要任務，是搭建行政框架。暫時以赤嵌樓為府衙所在，下設戶、禮、兵、刑、工等房，官吏一部分從隨軍文吏中選拔，一部分則由周鼎臣從福建緊急征調熟悉民政的官員前來充任。
然而，最大的難題在於人口和開發。荷蘭人統治時期，島上漢人移民雖有數萬，但多集中在赤嵌、大員一帶從事貿易和農耕，且備受壓迫。廣大內陸地區，仍是土著部落的天下，部落之間關係複雜，與漢人移民也時有衝突。
“周大人，陛下旨意，招募大陸移民屯墾，此乃長久之計。然眼下，如何安撫現有漢民，處理與土著關係，乃是當務之急。”鄭芝龍與周鼎臣商議道。軍事上他是一把手，但民政方麵，他充分尊重周鼎臣的意見。
周鼎臣指著剛剛初步繪製完成的台灣西部沿海草圖，麵色凝重：“鄭軍門所言極是。下官已派人初步統計，漢民多渴望恢複故土田園，可將其組織起來，清查被荷蘭人強占或荒廢之地，發放地契，鼓勵墾殖。同時，設立軍屯，令部分士卒且耕且守，既可減輕糧餉壓力，亦可實邊。”
他頓了頓，指向內陸山區：“至於土著各部，需區別對待。對於曾受荷蘭人欺壓、或與我漢民較為友善者，當遣使宣慰，賜以布帛、鹽鐵，確立朝貢關係，承認其自治，但要求其不得劫掠漢民村莊。對於桀驁不馴、曾與荷蘭人勾結者……”他眼中閃過一絲厲色，“則需示以兵威，迫其臣服，至少令其不敢輕舉妄動。”
鄭芝龍點頭表示同意：“正當如此。軟硬兼施，方是王道。水師會加強對沿海的巡邏，防止荷蘭人或海盜騷擾。陸上防務，需儘快修複熱蘭遮城……不，此地當更名，‘熱蘭遮’乃夷名，當棄之。陛下已有旨意，改稱‘安平鎮’，設遊擊將軍駐守。赤嵌樓亦可作為一處要塞。”
兩人又詳細商議了開放安平港貿易的具體細則。如何吸引商船前來，如何設定關稅，如何管理市場，防止走私，這些都是繁瑣卻至關重要的工作。
政策雖好，推行起來卻阻力重重。
當周鼎臣派人開始清查土地時，立刻遇到了麻煩。一些在荷蘭時期通過與殖民者勾結而占據大量土地的漢人“結首”（地方頭人），千方百計地阻撓清查，隱瞞田畝，甚至煽動不明真相的移民，聲稱朝廷此舉是要奪走他們的土地。
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