隨著大明遠洋水師的崛起，海關稅收的激增，以及海商總協會的成立，大明的海洋事業進入了一個前所未有的活躍期。然而，繁榮的背後，是日益複雜的海上事務和層出不窮的新問題：中外商船糾紛、海盜劫掠與自衛的界限、戰時禁運物資的界定、領海範圍的模糊、乃至水師緝私的權力與程序……舊的《大明律》中涉及海事的條款已遠遠不夠用，各地官員往往憑借個人理解和地方慣例處置，導致標準不一，怨聲載道，甚至給了胥吏貪贓枉法的空間。
朱由校（陳遠）深知，沒有規矩，不成方圓。尤其是在這涉及巨大利益和對外關係的敏感領域，必須有一套清晰、統一、具有權威性的規則。於是，在他的親自指導和推動下，由刑部、兵部、戶部、禮部及新任的海關總署官員共同組成編纂班子，參考部分繳獲的荷蘭、葡萄牙海事條例，結合大明實際情況，曆時數月，草擬出了《大明海疆律例》草案。
這一日，文華殿內，關於這部曠古未有的涉海法典的審議，引發了比之前海禁之議更為激烈的爭論。
草案被謄抄多份，分發至與會重臣手中。其內容之詳儘、理念之新穎，令許多老成持重的官員瞠目結舌。
“陛下，”一位刑部老侍郎率先發言，他指著律例總則部分，眉頭緊鎖，“此律例開篇即言‘大明領海’，並劃定‘自沿岸潮汐線向外延伸至肉眼不可見陸地之海域’為其範圍？此……此界定依據何在？《周禮》？《唐律》？還是太祖《大誥》？茫茫大海，如何勘界？若他國船隻在此範圍內航行，我水師便可驅逐甚至攻擊，豈非徒惹紛爭？”
另一位都察院禦史接口道：“還有此處，‘凡於大明領海、官府劃定之航道、港口內，所有船隻，無論中外，皆須遵守本法及後續章程’。此語雖顯天朝氣度，然則將西夷商船與我大明子民等同視之，置於同一律法之下，是否……有失體統？夷狄之輩，豈能與我華夏子民同律？”
保守派的質疑主要集中在“領海”概念的虛無縹緲、以及對外國船隻的“平等”待遇上，這觸及了他們“華夷之辨”的根本觀念。
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支持改革的官員則據理力爭。
兵部尚書王在晉道：“諸位，領海之界定，絕非虛言！若無此界，則西夷戰艦可直逼我海岸，商船可隨意停靠任何灘塗進行走私，我水師何以禦敵？何以緝私？此乃扞衛海疆之基石！至於肉眼不可見之標準，雖顯粗疏，然眼下乃權宜之計，日後格物院測繪製圖更為精熟，自可細化。”
海關總署的一位郎中則道：“將中外商船置於同一律法之下，非為抬舉西夷，實為便於管理，彰顯我大明律法之公正嚴明。若對西夷一套，對本國商民另一套，則法令紊亂，胥吏易上下其手，反生更大弊端。且律例中亦明確，西夷若違我禮法風俗，懲處更嚴，並未失卻天朝體統。”
爭論的焦點還延伸至具體條款。例如，關於“戰時禁運物資”的清單，是否應包含糧食、鐵器？關於水師臨檢、緝拿可疑船隻的權限和程序，如何防止兵丁借機擾民？關於海商協會壟斷特定航線貿易的合法性，是否與律例中“鼓勵通商”的原則相悖？
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