大明特混艦隊主力，如同一條威嚴的巨龍，靜靜地盤踞在蘇祿蘇丹國提供的秘密錨地。船帆半落，桅杆上的龍旗在海風中微微拂動，雖未張牙舞爪，但那沉默的龐然身軀本身，就是無聲的威懾。岸上，臨時營壘已然立起，與蘇祿人的村落比鄰而居，雙方士卒、水手在嚴格的軍紀約束下進行著有限的交流，一種臨戰前的壓抑氣氛彌漫在空氣之中。
施大瑄並未急於采取軍事行動。陛下的旨意很明確，先禮後兵。在蘇祿使者再次確認了馬尼拉灣內西班牙守軍的最新動態後，施大瑄派出了以格物院官員李文博為首的使團。
李文博年約四旬，麵容清臒，是格物院中少有的既通曉西學（主要來自與葡萄牙傳教士的交流和對繳獲文獻的研究），又熟讀經史的官員。他性格沉穩，思維縝密，被朱由校親自點名參與此次南下行動，正是看中了他這份能力。使團成員還包括一名精通西班牙語與拉丁文的澳門葡萄牙通譯（因其對西班牙人無好感而被雇傭），以及十名精銳的水師陸戰隊士兵作為護衛。
他們乘坐一艘輕快的海滄船“飛雲”號，懸掛著大明使節旗幟，在幾名熟悉航道的蘇祿向導引領下，小心翼翼地穿過西班牙人防禦相對薄弱的次級水道，進入了寬闊的馬尼拉灣。
灣內風平浪靜，與灣外礁石密布的險惡景象截然不同。遠遠地，便能望見馬尼拉城（Intramuros）那高大的石砌城牆和教堂的尖頂，以及灣口甲米地造船廠林立的桅杆和隱約可見的炮台。幾艘西班牙蓋倫戰艦在灣內遊弋，如同巡邏的獵犬。
“飛雲”號徑直駛向馬尼拉城的碼頭。靠岸後，李文博一行立刻被全副武裝的西班牙士兵“護送”至總督府。總督府內，菲律賓總督唐·迪埃哥·法哈多·德·科庫拉端坐在主位之上，他麵色紅潤，留著精心修剪的絡腮胡，眼神中帶著一絲居高臨下的審視與隱藏得很好的不耐煩。兩側站立著身穿華麗軍服的西班牙軍官和神色倨傲的傳教士。
通譯上前，按照禮儀介紹了李文博的身份和來意。
李文博不卑不亢，依照大明禮節微微拱手，隨即展開國書副本，朗聲道：“大明皇帝陛下欽差，格物院司業李文博，奉旨質詢爾西班牙菲律賓總督：爾國於呂宋，屢行暴虐，苛待我大明僑裔，縱容暴徒，劫掠殺戮，致使生靈塗炭，怨聲載道。此等行徑，背棄友邦之道，藐視天朝威嚴！我皇帝陛下仁德寬厚，不忍遽加兵戈，特遣本使前來，嚴正要求爾等：”
他的聲音清晰而有力，通過通譯轉化為西班牙語，回蕩在總督府大廳：
“其一，立即停止一切迫害、歧視我大明僑裔之行徑，保障其生命、財產及信仰之自由！”
“其二，嚴懲此前參與暴亂、殺害我僑民之凶徒及幕後指使者！”
“其三，賠償我僑裔一切損失，並歸還被非法侵占之財產！”
“其四，保證未來貿易之公平，不得再行苛索！”
“限期十日，予以明確答複並切實執行。若逾期不從，或虛與委蛇……”李文博目光銳利地看向科庫拉總督，“休怪我大明王師，行雷霆之舉，屆時玉石俱焚，悔之晚矣！”
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科庫拉總督聽完通譯的轉述，臉上露出一絲混雜著輕蔑與惱怒的冷笑。他並未直接回應李文博的質問，而是用帶著濃重口音的拉丁語說道（通譯同時低聲翻譯給李文博）：“尊敬的明國使者，您所說的‘暴行’，乃是一些不幸的誤會和當地土著與部分不安分商人之間的衝突，我方已在進行調查。至於貴國皇帝陛下的‘要求’……”
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