研究室後來改組為中央研究院，他被任命為中央研究院副院長，兼曆史研究室主任。後來，毛澤東又委托他編選一本國文課本，供工農乾部提高文化學習用。範文瀾接了這個任務之後，馬上就組織人手晝夜苦乾，幾個月內便把文章編選出來，並加了詳儘的注釋。毛澤東得知此書如此快速完成，非常高興，親為此書作序，在序中特意提名表揚了範文瀾。後來此書便以《國文讀本選注》為名出版，供抗日軍民學習文化使用。由於範文瀾對毛澤東所交托的任務都極為重視，儘力完成，他又為了節約燈油，總在很微弱的油燈下從事寫作，因此損壞了眼睛，有一隻眼睛完全失明了。
上個世紀五十年代末，範文瀾根據自己在曆史工作者會議上的一次講話，整理成一篇文章，題目為《曆史研究必須厚今薄古》，發表在《人民日報》上。喜歡讀報的毛澤東看到了這篇文章，立刻閱讀起來，感到很滿意。那時，恰好中共第八次全國代表大會第二次會議於1958年5月5日至23日在北京召開。範文瀾作為當選的候補中央委員，也出席了會議。毛澤東幾次站起來說：“今天我很高興，範文瀾同誌提出了‘厚今薄古’的觀點。他的文章我看了，寫得很好。”範文瀾在這篇文章中認為厚今薄古和厚古薄今是兩條路線的鬥爭，毛澤東很讚揚這種提法，並說：“我還可以補充一個秦始皇，秦始皇是厚今薄古的專家。”
然而，寫曆史的和研究曆史的在那個時期都成為言多必失的人。“文革”初期，範文瀾成了“反動學術權威”，經常置身於大批判的漩渦之中。他在百般無聊時讀起了佛經，想讓自己超脫現實的困惑之境。有一天，範文瀾正在屋裡讀佛經，和他做鄰居的周建人（周樹人、周作人之弟）問他在做什麼，範文瀾告訴周建人：“我正在補課。”周建人就問：“補什麼課？”範文瀾說：“讀佛書。不懂得中國的佛教，就不能真正懂得中國的思想史、中國的哲學史、中國的文化史。”那時，範文瀾很專注地讀著佛書，還一邊讀一邊做筆記。讀了一段時間之後，他發現自己以前對佛教的批判觀點未必都是恰當的，而且自己對佛教的批判也還不夠實事求是。沉思過後，他似乎又有所後悔，於是就想把《中國通史》中關於對佛教的評論部分重新寫過。但是，當時已經沒有條件和資格寫書了，他隻能每天打腹稿，期待有朝一日能彌補自己學術上的失誤。
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1968年7月19日下午，毛澤東的女兒李訥突然來到範文瀾的家，對他說：“我爸爸叫我來，說中國需要一部通史，不僅是古代的、近代的，還要現代的，希望你能用新的觀點，重新寫一部《中國通史》。”範文瀾說：“我的觀點已經不行了，太舊了，怎麼能寫？”李訥說：“我爸爸說，如果你感到有困難，在沒有新的寫法以前，就用你原來的那種舊的寫法寫下去。”原來的舊的寫法，是指厚今薄古的寫法？還是他在延安時期夾敘夾議的寫作手法呢？還是後者的可能性大一些吧！這一天晚上，範文瀾很興奮，一直在考慮毛澤東交給他的任務，在考慮如何寫好中國通史，結果通宵失眠。
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