體係積累了思想材料，作了必要的理論準備。
1934年，馮友蘭應邀出席了在布拉格召開的“第八次國際哲學會議”，並在大會上作了題為《哲學在現代中國》的學術報告。既然是研究哲學，對當時正盛行的馬列主義不能不視而不見。大會之後，馮友蘭又通過申請獲準訪問社會主義國家蘇聯。他懷著濃厚的興趣和探究事實真相的心理，踏上了這塊被譽為“革命搖籃”的土地。馮先生後來回憶當時的情況時說：“關於蘇聯革命後的情況，有人把它說成是天國樂園，有人把它說成是人間地獄，我想親自去看看究竟是個什麼樣子。”通過實地考察，他得出了如下結論：“蘇聯既不是人間地獄，也不是天國樂園，它不過是一個在變化中的人類社會，這種社會可能通向天國樂園，但眼前還不是。”（《三鬆堂自序》）馮友蘭的這種評價是比較真實而不帶任何偏見的，當時蘇聯正在進行工業化建設，到處一副欣欣向榮的景象，但是許多矛盾和問題也充斥在其中，因此也不能說是天國樂園。馮友蘭還通過橫向比較，上升到哲學層次，他得出了另外一種結論：封建社會“貴貴”，資本主義社會“尊富”，社會主義社會“尚賢”。
回國後，馮友蘭根據自己的所見所聞作了兩次正式演講。一次是漫談蘇聯見聞；另一次是以“秦漢曆史哲學”為題，提出了以曆史唯物主義的某些思想為基本要素的“新三統五德論”，集中論述了社會存在決定社會意識，社會意識反作用於社會存在的觀點，這次講演引起了官方的懷疑與不滿。馮友蘭被當做赤黨分子，住所和言行都受到監視。1935年10月底11月初，他竟被國民黨政府視作政治嫌疑犯予以逮捕、審訊。國民黨此舉引起全國嘩然，人們紛紛提出抗議。迫於全國的民主勢力，馮友蘭在被關押、審查數天後，由於沒有證據，最後釋放了事。對於這次事件，“不屈的鬥士”魯迅曾在一封書信中憤然說到：“安分守己如馮友蘭，且要被逮，可以推知其他了。”這次事件對馮友蘭的觸動很大，但他並未因此與國民黨決裂，而是選擇了一心治學的道路，既然改變不了眾生相，那就先從自身做起吧！
1937年至1946年，是馮友蘭學術生涯的關鍵十年，其新理學體係即在此間成形。在西南聯大的時候，生活很清苦。大家都是聚在一起，有什麼吃什麼，邊吃飯邊聊天。有一次菜鹹的無法入口，馮友蘭笑說：“菜鹹有好處，可以使人不致多吃。”旁邊的聞一多用“我注六經”的口氣接著說：“鹹者，閒也。所以防閒人多吃也。”二人說的話充滿了哲學意味，讓學生們回味無窮。馮友蘭有個讀書的四句箴言，叫“精其選，解其言，知其意，明其理”。這樣的讀書方法簡單可行，對學生的影響是很大的。一本書、一篇文章，馮友蘭不是一個一個字的羅列，而是講解作者寫作的意義，這個意義要大於文章，大於文字，有些意是表達不出來的，需要自己的理解。這就有點上升到哲學高度了，宏觀方向把握了，不必拘泥於細節之處。
1946年，馮友蘭講授中國哲學史，並將講稿整理成《中國哲學簡史》，此書後由紐約麥克米倫公司出版。在美考察期間，馮友蘭深深感到：“我在國外講些中國的舊東西，自己也成了博物館裡的陳列品了，心裡很不是滋味。當時我想，還是得把自己的國家搞好。”1947年，解放戰爭節節勝利，馮友蘭生怕新中國成立後中美斷交，自己再也無法回到祖國，於是，婉言謝絕了至親好友的挽留，毅然決然地返回了中國，自己實地體驗，以一個哲學家的眼光審視著這場驚天動地的國共戰爭。
1949年，中華人民共和國成立，應該說是一個翻天覆地的大變化。一個嶄新的國家誕生了，包括人們的思想觀念都在發生日新月異的變化。然而，並不是所有的熱情和付出都能換回相應的回報，反而是無情的打擊和身心俱滅的失望。他是北京大學第一個被揪出來的“反動資產階級”學術權威。在剛剛解放的1950年，哲學界就展開了對他的學術批判。後來的曆次反右運動中，馮友蘭都首當其衝。不但其思想被當作唯心主義的代表而屢遭批判，其人也被打成反動學術權威而成為批鬥的重點對象，身心倍受折磨。直到1968年秋，毛澤東在一次講話中提到：北大有個馮友蘭，搞唯心主義，我們若要懂點唯心主義，還要找他；還有個翦伯讚，搞帝王將相，我們若要懂點帝王將相，也要找他，還是讓他們當教授，拿薪水。有了毛澤東的肯定，馮友蘭才得以離開牛棚，勉強恢複自由。1972年，尼克鬆訪華，因為馮友蘭在國外的名氣，他家被定為接待外賓訪問的開放戶時，才算過上比較正常的生活。
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