太平軍展開肉搏；李臣典的親兵隊也在西門攔住了想撤退的太平軍。
不到一天時間，楚軍就攻克了衢州，斬殺太平軍五千多人，俘虜了守將李尚揚，繳獲武器、糧草無數。
攻克衢州後，左宗棠並沒有立刻繼續進軍，而是留在衢州整頓政務：他派人安撫百姓，幫助他們重建房屋、恢複生產；他整頓衢州的吏治，罷免了幾個投降太平軍的官員，提拔了一批清廉能乾的士人；他還開設了糧站和醫館，免費給百姓發放糧食和藥品。
衢州百姓見左宗棠不僅能打仗，還能治理地方，對他更是敬佩不已，不少鄉紳主動來見他，願意捐糧捐錢，支持楚軍收複浙江。
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