發現興沖沖地去向湯姆孫彙報，湯姆孫自然高興。但是他聽完彙報後卻露出一種悵惘之情，盧瑟福有所察覺便恭敬地問道：“老師有什麼事要吩咐嗎？”
“是的，正有一件大事要與你商量。最近加拿大麥克吉耳大學物理係教授應聘到倫敦擔任教職，為了挑選一個他的繼任者，加拿大方麵特意派了代表來劍橋商談此事。我考慮再三，恐怕你是一個最合適的人選。”
“老師，我是遠涉重洋來向您學習的，現在還沒有學到多少東西怎能離去？”
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“不，你現在已完全能獨立開展研究了。像你這樣的人才總給我做助手反而壓抑了你的才華，你應該有自己的學生，自己的助手，自己的實驗室，放開手腳大幹一番了。再者你離開紐西蘭時就已訂婚，也早該成家了，經濟收入也不能不考慮，那邊年薪豐厚，是一筆可觀的收入。上任之後你就可以接來家眷，一心研究了。”
“不過，我今年才29歲，我怕自己太年輕，做一個高等學府的教授，人家不一定看得起。”
“不，年齡是次要的，主要的是你有沒有挑重擔的勇氣。我接替瑞利先生任這個卡文迪許實驗室主任時，比你現在的年齡還小一歲呢。這正是幹事業、闖禁區的最好年齡，你絕不可隨俗沉浮浪費了自己的才華。機遇本就不可多得，得到機遇而又失去更會終生遺憾。況且你現在的名聲已足可以和那些四五十歲的教授相匹敵了，希望你勇敢地去上任吧。我這裡已寫好一封推薦信，他們會尊重你的。”
盧瑟福接過信一看，上麵寫道：“在獨創性的科學研究中，我從未見過有比盧瑟福先生更加熱情和幹練有為的學生。我認為，不論哪個大學，若能請到盧瑟福先生去擔任物理教授，將是十分幸運的。”
盧瑟福聽了老師這番話，又看了這封信，十分激動。他感謝湯姆孫的知遇之恩，便問臨行前老師還有什麼指點。
湯姆孫說：“你這一去要當老師了，但要注意向學生學習，敢向自己的學生學習的人永不會驕傲。你要主持一個實驗室了，要選好助手，紅花要綠葉不隻為了陪襯，還要向他們吸取養分，要能在自己周圍團結起一批人。”
1898年9月盧瑟福牢記師囑，橫渡大西洋到加拿大走馬上任。
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