便建立起親密無間的友誼，關係甚為融洽。
朱瞻基登基不久，他的叔父漢王朱高煦發動了武裝叛亂。朱瞻基在楊榮等人的強烈要求下禦駕親征，叛亂很快被平定，朱高煦被處以酷刑。種種跡象表明，朱瞻基的又一叔父趙王朱高燧也與漢王的陰謀有所牽連，楊榮等人主張同加嚴懲。針對這種紛紜複雜的形勢，朱瞻基舉棋不定。楊士奇一方麵摸透了皇帝的心理，另一方麵考慮到政局的穩定，與楊榮針鋒相對，指出：“太宗皇帝三子，今上惟兩叔父。有罪者不可赦，其無罪者宜厚待之，疑則防之，使無虞而已，何遽加兵，傷皇祖在天之意乎？”朱瞻基最終采納了楊士奇的建議，沒有追究趙王的責任。趙王主動獻出護衛人馬，保全了性命，朝廷政局趨向了穩定。
《明史》卷一四八《楊士奇傳》。
《明史》卷一四八《楊士奇傳》。
朱瞻基即位後，還受到來自外部世界的挑戰，交阯繼續抵製明皇朝的統治。是繼續施加軍事壓力還是撤軍，明皇朝左右徘徊。吏部尚書蹇義和戶部尚書夏原吉與將領們主張采取進一步的軍事行動。楊士奇看到連年的征戰造成了國家財政的緊張、百姓的怨恨，於是和楊榮一道力主講和，認為可以讓交阯擁有更大的自治權。他們的主張正中朱瞻基下懷，於是決定通過外交途徑解決交阯的叛亂問題。後來幾經周折，朱瞻基勉強授予交阯的實際統治者黎利委任詔書和印璽，讓他“權署安南國事”，這樣既贏得了南部邊疆的安定，又為國家節約了大筆軍事開支，再次顯示了楊士奇的戰略眼光。
楊士奇在宣宗朝的貢獻更多地體現在內政建設上。長江下遊是國家的財賦重心所在，沉重的賦稅導致了大量人口的出逃和農民的貧困，成為朝廷非常關心的問題。周乾奉朱瞻基之命進行實地調查後，建議減少官田稅賦份額，打擊稅吏的貪汙腐敗行為，楊士奇大力支持。戶部官員由於擔心減稅會造成國家財源的枯竭，因此極力反對。如何兼顧朝廷與農民的利益，楊士奇選拔了兩個乾練的行政官員和財政專家周忱與況鐘去解決這一難題，周忱受權管理南直隸府，況鐘出任蘇州知府，他們進行了一係列的財政改革。
其一，設立以“金花銀”或棉布交納稅糧的製度，保證農民從事農業生產的時間，另外特定的折換率的定期調整也保證了國家財源的穩定。其二，征糧的衡量單位標準化，防止了稅吏的營私舞弊。其三，每個縣設糧倉貯藏征收的稅糧，防止糧長在自己的私宅內囤積糧食。其四，征收特定的附加稅，用於運輸通過運河直達京師的糧食。其五，在每個縣設濟農倉，儲藏地方官在豐年通過平糴法收集餘糧，以便在遇到自然災害和歉收時分發。所有這些措施，基本上體現了藏富於地方、藏富於民的指導思想，從根本上調動了農民的生產積極性，鞏固了朝廷的財源。
楊士奇還特別注意人才的選拔和政治的清明。他向朱瞻基積極建議，糾察貪官汙吏，舉薦具備文才武略的人才，即使屬於刑家子孫也不例外，並且規定凡三品以上及二司官都要積極為朝廷推薦人才，以便鞏固朝廷的根基。楊士奇還身體力行，作出表率，如前述周忱和況鐘以及後來赫赫有名的於謙皆得力於他的引薦。在楊士奇等人的努力下，明皇朝一片安居樂業的社會景象。朱瞻基自然高興，每年歲首，他讓百官休息十天，自己和楊士奇等大學士賦詩唱和，幾乎可以稱得上國泰民安了。
宣德十年（1435），朱瞻基去世，朱祁鎮即位，是為明英宗，張太皇太後行使攝政之權，極力倚重“三楊”，凡軍國大事皆請他們參決。同時她的同鄉宦官王振開始控製司禮監，與“三楊”相抗衡。年邁的楊士奇極力支撐危局，施展自己的才能，建議朝廷訓練士兵，鞏固邊防，設南京參讚機務大臣，分派文武鎮撫到各地考察民情，罷除派往各地的特務，減輕百姓的賦稅，放寬刑罰，加緊吏治的整頓，使明英宗統治初年繼續保持政治清明的局麵。王振，少年時自閹進宮，是最早在內書堂受過嚴格的書本教育和行政訓練的太監之一。朱祁鎮做太子時，他被派往東宮，成為太子的啟蒙老師，他為人狡黠，善於逢迎，贏得了朱祁鎮的歡心。朱祁鎮即位後，王振成為司禮監的秉筆太監之一，被親切地稱為“先生”。司禮監掌管皇城裡的一切禮儀、刑事及管理當差、聽事等雜役，替皇帝管理內外一切奏章，代皇帝批答大小臣子上奏的一切公文。王振通過對英宗皇帝朱祁鎮的個人控製及司禮監的獨特權力開始乾預朝政，給楊士奇為首的內閣造成極大的威脅。
王振還很快爭取到一批政治盟友，其中包括錦衣衛指揮馬順和他的外甥副指揮王山。錦衣衛因從事軍事以及情報和司法工作，成為皇帝手中最有效、最得力的工具之一，是皇權運作過程中的樞紐所在。此外，王振還贏得了兵部尚書徐晞和王冀的追隨，控製了明皇朝的軍事力量，開始向楊士奇等人進行挑戰。
王振首先攻擊楊士奇的盟友楊榮。楊榮好收受賄賂，使王振找到了借口。靖江王佐敬乘楊榮不在家時，私下送去一些金銀財寶，王振偵知後，必欲置楊榮於死地而後快。楊士奇不顧年老體衰，親自為楊榮向皇帝求情，才避免了災難。正統五年（1440），楊榮去世，楊士奇更感勢單力薄。
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