年三月初，努爾哈赤大敗明軍於薩爾滸時，逼迫薑弘文率兵五千投降，免死拘留，並於三月二十一日遣使致書朝鮮國王，自稱“後金國汗”，列述“七大恨”，指責明朝欺侮建州和朝鮮，“明國皇帝要派彼之諸子到朝鮮和我國做國主，這個尼堪皇帝淩辱我等二國太甚”，勸說朝鮮背離明朝。雖然朝鮮回信，堅持親明尊明政策，勸告努爾哈赤罷兵和好，仍尊明帝為君，自居屬臣，但努爾哈赤並未罷休，繼續遣使入朝，講述己見，欲離間朝鮮與明國的關係。與此同時，努爾哈赤積極鞏固內部，增強實力。天命四年六月，為便於用兵，於界凡築“行宮”及八旗貝勒、大臣、兵士住房，迎汗和諸貝勒福金來此居住，十六個月後又遷居薩爾價，一步一步逼近明境。
天命五年三月，努爾哈赤第一次製定“論功序爵”的製度，援用明朝官稱，設總兵官、副將、參將、遊擊，均分為三等，大體上原來任固山額真之人即為總兵官，梅勒額真為副將，參將、遊擊為甲喇額真，原來當牛錄額真的，一律為備禦。從總兵官至備禦，皆為世職。另外，每牛錄下，設千總四員。這對鼓勵八旗官將效忠於汗為國出力，起了相當大的作用。
天命五年六月初四日，努爾哈赤命豎二木於門外，下令說：“凡有下情不得上達者，可書訴詞懸於木上，吾據訴詞顛末，以便審問。”這一措施，有利於體恤民隱，主持公正，使下情有可能上達於汗。
同月，努爾哈赤第一次派遣人丁，“往東海煮鹽”。建州女真地區素不產鹽，一向依靠“撫賞”、“告討”，從明朝邊臣手中領取十斤八斤二十斤鹽，十分困難，以致相當多的女真人長期沒有鹽吃，包衣阿哈常因無鹽食而離主逃走。這次煮鹽，效果顯著，不久便運回一二十萬斤，“於國內按丁給與”，在一定程度上緩和了食鹽供應極為緊張的局麵。
天命五年九月，努爾哈赤處理了皇族內部糾紛的重大案子，第一次提出了“共治國政”的製度。相當長的時間裡，二貝勒阿敏厭惡其異母之弟齋桑古貝勒，大貝勒代善虐待前妻之子碩讬貝勒，關係十分緊張。九月初三日有人首告齋桑古、碩托欲叛逃明國，十三日努爾哈赤與諸貝勒、大臣議定，“發兵堵截通往明國之路”，當晚將二人拘留監禁，代善、阿敏向汗奏乞，欲殺二人。二十日努爾哈赤斷定齋桑古、碩讬是與其兄其父不和而出怨言，並非叛逃，下令釋放。隨即查明，代善不將“良好僚友、國人”分與前妻之子嶽讬、碩讬，並誣告碩讬與己二妾通奸。努爾哈赤大怒，嚴厲譴責代善，憤怒指出這種聽信後妻讒言欲殺親子之人，“哪有資格當一國之君，執(掌大政)！”立即當眾宣布：“先前(欲使代善)襲父之國，故曾立為太子，現廢除太子，將使其專主之僚友、部眾儘行奪取。”二十八日，代善親手殺死繼妻，遣人向努爾哈赤奏請，要求“若蒙父汗不處死刑而得再生”，希望允己叩見請罪。努爾哈赤表示了寬厚的態度，並令代善與諸弟立誓緩和關係。代善對天發誓，今後“不再為非”、懷抱怨恨。八和碩貝勒、眾大臣“亦立誓書”，指責了代善的過失，宣布“立阿敏台吉、莽古爾泰台吉、皇太極、德格類、嶽讬、濟爾哈朗、阿濟格阿哥、多爾袞、多鐸為和碩額真”，規定新汗“不得恣意橫行”，不能出於一己私怨而貶革勤理政務的和碩額真。如果某一和碩額真犯有擾亂政務的罪行，則由另外七旗和碩額真集議裁處，該罰則罰，該殺則誅。代善雖被革除太子，但仍舊統轄原有的正紅、鑲紅二旗，仍居四大貝勒之首，佐理國政，統軍出征。後金統治階級的內部矛盾，有了較大程度的緩和。
天命六年閏二月十六日，針對阿哈遭受奴隸主虐待而反抗逃亡的情況，努爾哈赤下達“汗諭”，勸誡家主“宜憐阿哈”，“阿哈應愛主”，“雙方應該相互慈愛”。他要求阿哈將“耕種田地之穀”全部交與家主，主人家中要多織布，供給阿哈衣服飯食，如果家主不“善養”阿哈，阿哈“以衣食為劣而上訴後”，“則從虐養之主取之，轉而給與善養之主”。努爾哈赤發布這一汗諭，是企圖在大舉攻明前夕，緩和奴隸主與奴隸之間尖銳的階級矛盾，鞏固和維護後金國中占居主導地位的奴隸製生產關係。
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在政治、經濟、外交、軍事等諸方麵，做了充分準備之後，努爾哈赤利用明朝遼東舊經略熊廷弼被罷革新經略袁應泰不諳兵法的好機會，決定進攻沈陽、遼陽，發動了明金(清)之間的第二次大決戰。
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