且由於一向攻無不克、飛躍前進而有些飄飄然了，驕傲專橫，剛愎自用，因而從天命八年以後，犯了不少錯誤，乾了一些蠢事。首先是，他不該從“恩養尼堪”轉變為大殺遼民。
天命八年(明天啟三年，1623)六月，聽說複州漢民人數增加，接受明國“派來之奸細和劄付”，將要叛逃，努爾哈赤派遣大貝勒代善、齋桑古、阿濟格、杜度、碩讬等貝勒，率兵兩萬，前往鎮壓，將男人全部殺光，帶回大量子女、牲畜。天命九年正月，努爾哈赤連下九次汗諭，遣派大批八旗官兵，在金國的大部分轄區，查量漢民糧穀，凡每人有穀不及五金鬥的，定為“無穀之人”。努爾哈赤辱罵“無穀之人”是“不耕田、無穀、不定居於家，欲由此地逃往彼處(明國)之光棍”，諭令八旗官兵“應將無穀之人視為仇敵”，發現其“閒行乞食”，立即“捕之送來”，並於正月二十七日“殺了從各處查出送來之無穀之尼堪(漢人)”。天命十年十月初三日，努爾哈赤下達長諭，指責漢民“窩藏奸細，接受劄付，叛逃不絕”，曆數鎮江、長山島、川城，耀州、彰義站、鞍山、海州、金州等地漢民武裝反抗事例，宣布要斬殺叛逃之人。他命令八旗貝勒和總兵官以下備禦以上官將，帶領士卒，各去自己轄屬的村莊，“區別”漢民，凡係抗金者，一律處死。各將遵令，“分路去，逢村堡，即下馬斬殺”。時有遼民幾儘殺光之說，滿漢關係極度惡化。
努爾哈赤還在十月初三的“汗諭”中，命將未殺的“築城納賦”之“小人”(即勞動者)，全部編隸汗、貝勒的拖克索(莊)，每莊十三丁、七牛，耕地百晌，八十晌莊丁“自身食用”，二十晌作“官賦”。編丁隸莊後，總兵官以下，備禦以上，“每備禦各賜一莊”。這樣一來，原來“計丁受田”的漢民，失去了“民戶”的身份，淪落為奴仆性質的“莊丁”，被迫繳納數倍於“計丁授田”之丁上交的丁賦，人身奴役加重，剝削更為厲害。遼東地區的大多數漢民(即除去原係阿哈的漢民以外)，從“計丁授田”的後金國“民戶”，下降為繳納高額地租、慘遭莊主壓迫的封建農奴，嚴重地加深了遼民的苦難，農奴製莊園惡性擴展，遍布後金轄區，這是很大的倒退。
從天命八年六月鎮壓複州兵民起，努爾哈赤在對待漢官的問題上有了很大的變化，放棄了原來拉攏漢官、大量任用漢官的正確政策，錯誤地對他們產生了懷疑，采取了疏遠的態度。進入遼沈初期，不少降金漢官竭力效忠金汗，征田賦，僉漢兵，派役夫，運官糧，築城池，清點人丁，查獲“奸細”，捕捉逃人，勸誘遼民聽從新君的命令，做了許多事。但是，由於遼東軍民痛恨後金苛政，猛烈反抗，明又不斷派遣密使勸說漢官棄金投明，有些漢官就猶豫了，擔心金國汗、貝勒不能久駐遼沈，因而或與明臣書信往來，以留後路，或暗訂密約，伺機叛逃。努爾哈赤不從改革弊政、減少殺戮、緩和矛盾以平息民怒穩定局勢這一根本上著手，卻改變策略，懷疑漢官，疏遠漢官。當努爾哈赤決定派兵屠殺複州兵民時，“撫順額駙”李永芳諫阻說：“所謂複州之人叛者，非實也，恐係人之誣陷矣。”李之本意是應當慎重，核實情況後再發兵，這原是無可非議的。可是，努爾哈赤卻大發雷霆，厲聲指責李永芳等漢官“以明帝為長久，以我為短暫”，“心向明國”，蔑視金汗，竟革去他的總兵官職，捕其子來審訊，後雖複官，但也不似過去那樣信任和重用了。這樣一來，漢官人人疑懼自危，持有二心，不敢直諫，妨礙了努爾哈赤對遼東漢民情形的深入了解和正確處理，影響了滿族貴族與遼東漢族地主階級的聯合，加劇了遼東的動亂。
努爾哈赤在天命八年處理八旗貝勒和高級官將的問題上，也做了一些錯事。三月，曾為建立後金國馳騁疆場征戰三十餘年的開國元勳扈爾漢，向養父努爾哈赤上書，承認過失，乞父寬恕，懇求再次起用為國效勞，努爾哈赤卻大擺君主威風，再譴其非，不予考慮，使這位叱吒風雲威震遼東功勳卓著的總兵官，憂悶病重，九個月後含恨去世，其子渾塔還降級襲職。五月，創製滿文、被譽為“一代傑出之人”的大巴克什額爾德尼，僅因細故，夫婦兩人被努爾哈赤無辜冤殺，家被抄沒。六月，原哈達國主蒙格布祿貝勒之子、努爾哈赤的親女婿烏爾古岱，因被漢官訐告收其金銀，儘管缺乏根據，卻遭議處死刑，後雖免斬，仍被革去具體處理軍國大政的督堂要職，從總兵官降為備禦。努爾哈赤還因此案痛責“愛子”四貝勒皇太極和嶽讬、濟爾哈朗、德格類三位貝勒。這一重大案件，在八旗貝勒、大臣中引起了強烈的反響。
努爾哈赤晚年犯的這些錯誤，嚴重地破壞了遼東生產。這一曾經是“田人富穀，澤人富鮮，山人富材，海人富貨”，“家給人足，都鄙廩庾皆滿，貨賄羨斥”的富饒地區，竟弄得人丁銳減，田園荒蕪，廬舍殘破，百業凋敝，社會混亂，民不寧居，饑荒頻仍，物價飛漲，甚至出現了“人相食”的悲慘局麵。
明天啟五年(天命十年，1625)，努爾哈赤著手進行大舉征明的準備工作。正月，聞聽明遣兵一萬，由海上至旅順，修葺城堡，屯駐兵士，努爾哈赤命三貝勒莽古爾泰和阿布泰、巴篤禮二總兵官，領兵六千往攻，克城，擊敗明兵，毀城而還。
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