立。第一支近岸護航運輸隊於9 月6 日起航。緊接著，第一批駛往國外的護航運輸隊（OA 和OB）也於第二天起航。
從聖伊瓦樂和卡魯徹裡頓起飛的第217 中隊的“安桑”式飛機在西經12.5°至°15°之間，大約距愛爾蘭以西15O 至200 海裡的範圍內，對護航運輸隊提供近距離的水麵和空中護航。
這些船隻要在護航隊中航行兩天多才分開向各自的目的地前進。到地中海和非洲去的船隻在錫利群島附近編成單獨的護航運輸隊（OG），由一艘遠洋護航艦隻（通常是一艘小護衛艦）進行護航，要航進到直布羅陀的護航艦隻趕來迎接為止。
到9 月底，正常的護航運輸隊係統已開始實行，駛回的護航運輸隊從哈利法克斯、直布羅陀和費裡敦出發，而出航的則從利物浦和英國沿岸港口出發。由於缺少護航艦艇，在其它航線上仍采用規避航行。
丘吉爾在戰前視察過波特蘭，看過一次反潛演習，他指出：“應該把潛艇限製在遠海海區..我們會有損失，但是潛艇決不會對形勢起決走性作用。”戰爭頭幾個月所發生的事件，雖不能推翻丘吉爾的這個論點，但是誰能預料到德國會奪取法國比斯開灣內的港口，得到了通往大西洋護航運輸隊航線的捷徑呢？
到1939 年止，共有5756 艘船隻編入了護航運輸隊，僅有17 艘被擊沉（其中5 艘是掉隊的船隻），德國也損失了9 艘潛艇。而單獨航行的商船卻有97艘被德國潛艇擊沉。
在1940 年7 月至10 月間，單獨航行的商船有144 艘被擊沉，而編入護航運輸的商船被擊沉的僅73 艘，德國還損失了6 艘潛艇。這些數字證明了建立護航運輸隊係統是正確的，但是仍有人對此表示懷疑。
一種批評意見認為，護航運輸隊係統會使大量商船噸位（每次約有1\/3 的噸位）滯留在港內，等待編成適當的護航運輸隊。還有一些人把護航運輸隊看作是單純的防禦手段，認為進攻的精神應該更多一點。這種意見造成的結果，是花費了大量時間和人力編成驅逐艦和航空母艦“搜索群”去搜索潛艇。這種方法早在第一次世界大戰中就已證明是無效的。
護航運輸隊係統雖然再次證明不能有效地擊沉潛艇，但是它卻能迫使德國潛艇離開某巡邏區。令人奇怪的是，英國海軍部已有了1917 年至1918 年的教訓，卻還要說服自己去組成這些“搜索群”，尤其是有一段時間，德國潛艇顯然較少（未超過7 艘），而且商船的損失也不太大，但還要用昂貴的艦隊與航空母艦去執行這種沒有多大價值的任務。
艦隊中航空母艦特別容易遭到攻擊，9 月17 日黃昏，“勇敢”號航空母艦上的飛機和4 艘護衛艦中的2 艘去搜索1 艘德國潛艇。據報告，該潛艇準備攻擊1 艘商船。就在這時“勇敢”號航空母艦被德潛艇擊沉。德潛艇雖遭到其餘的護航艇隻用大量深水炸彈進行攻擊，但僅僅受到了來回震動，還是返回了基地。這是航空母艦在進行反潛巡邏時第二次遭受攻擊。
9 月14 日，“皇家方舟”號航空母艦遭到U —39 的攻擊，U —39 很快就被“福克納”號、“火龍”號和“狐狸”號擊沉。在那天傍晚，從“皇家方舟”號上起飛的第803 中隊3 架“大鷗”式飛機在U —30 潛艦（該潛艇剛剛擊沉了“法納德角”號）下潛時，對它進行了攻擊。不巧，反潛炸彈在空中提前爆炸，不但沒有炸毀潛艇，反而炸掉了兩架飛機。這就是當時反潛武器效率低的一個明顯例證。在這些事件之後，英國海軍部再也不能無視航空母艦在反潛巡邏時受到的這些威脅了，於是決定搬走航空母艦，但是幾個驅逐大隊仍在海上進行了幾個月的反潛巡邏。
在以後的18 個月中，海軍航空兵的飛機多次從岸上基地起飛進行反潛巡邏。這些飛機由英國空軍通過區域指揮部進行控製。由於航空母艦進行反潛巡邏遭到失敗，護航艇缺乏，加之反潛部隊未能達到海軍大臣丘吉爾的要求，未能擊沉那麼多潛艇，11 月19 日丘吉爾向內閣會議提出了一頂建議，要求橫跨北海布設一個雷區，他認為這是對付德國加強了潛艇戰的很有遠見的防禦措施。1939 年9 月至10 月，多佛爾海峽已布設了反德國潛艇的深水雷區。
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