,1671年釋放後在廣東傳教,南懷仁推薦他來京講學,博得康熙信任,1685年接替南懷仁任欽天監正之職。年邁的南懷仁還奏請康熙招聘與他同籍的安多來京,接任康熙之師,講授算學及數學儀器的用法,並任欽天監副。康熙很希望宮中有位歐洲醫生,南懷仁急忙告訴羅馬教廷,並建議讓精通醫術的科德·朱特修士從印度果阿來北京充任。
康熙二十六年(1687),南懷仁墜馬受傷,次年卒於北京。南懷仁去世後,康熙為他舉行了隆重的葬禮,說“南懷仁治理曆法效力有年。前用兵時,製造兵器多有裨益。今聞病逝,深軫朕懷……”可謂寵信之極。康熙對南懷仁的寵信,源於對西方科學的熱愛,而南懷仁出色的能力,使眾多精於此道的傳教士紛至遝來,他們同康熙廣泛接觸,對康熙朝的政治、經濟、軍事和文化政策產生了一定的影響,同時打著傳播西方科學的招牌頻繁地進行傳教活動。