海軍上將直到最後一分鐘還不相信原子彈的威力，在波茨坦會議期間，他還向他的同事們“嘲笑使用原子彈的想法”，說從事原子彈研究的人為“一幫糊塗蛋科學家”，“原子彈是世界上吹得最大的牛皮”。
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一部分原子彈研究工作者，也提出了使用原子彈引起的道德方麵的問題。但大多數政界和軍界領導人都相信，這種新的武器就像是梯恩梯炸藥做成的炸彈和燃燒彈一樣，並不會牽涉到道德上的麻煩。因為在第二次世界大戰中，對居民進行大規模的轟炸已經成為司空見慣的事情。比如，1945年3月9日夜晚，美軍轟炸機對東京進行狂轟濫炸，引起大火，東京居民死傷10萬人。
最後，杜魯門總統任命了一個由馬歇爾、格羅夫斯、史汀生的兩位文職顧問和幾個科學家組成的臨時委員會，專門研究在原子彈投放前應不應該給日本人一個警告的問題。討論的結果是，事先沒有必要給予警告，因為投放的原子彈的威力值得懷疑，甚至可能是一顆瞎彈。再者，日本人可能把盟軍戰俘送到威脅地區，也可能想辦法削弱轟炸的效果。為了使原子彈的爆炸能夠留下最大限度的痕跡，委員會認為，原子彈應該投在沒有大規模轟炸過的城市裡。當時日本沒有被炸過的城市屈指可數，因此，在開列考慮作為轟炸對象的名單上隻有京都、新潟和廣島等幾個。史汀生認為京都是日本曆史名城，名勝古跡眾多，將其作為投放原子彈的地方不怎麼適宜，因此京都就被從名單上畫掉。長崎作為替換對象被補上來。
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