場和中國戰場，盟國開始展開反攻。在太平洋上，1943年初的瓜達卡納爾島戰役結束後，戰略主動權就已完全移到了美軍手中。美軍從中太平洋和西南太平洋兩路展開攻勢，前進到菲律賓海域，但日本軍國主義不惜一切代價負隅頑抗的態度，使美軍每前進一步都要付出慘重的代價。在菲律賓海域的海空戰中，日本人開始使用“神風自殺機”，以自殺行動去炸毀美軍海軍艦隻，事實已越來越明顯，隨著美國人逼近日本本土諸島，日本人將會是寸土必爭，抵抗越來越瘋狂。
當麥克阿瑟的軍隊肅清呂宋島上的敵人時，美軍太平洋艦隊司令尼米茲正著手攻擊硫黃島和衝繩島。為了取得日後進攻日本本土的空中基地，先必須拿下小笠原群島，日軍殊死抵抗，不肯投降，結果美軍陸戰隊死亡23 000人，海軍死亡2 800人，20 000名日軍被擊斃，218人被俘。
衝繩之戰也打得異常艱苦和慘烈，美軍傷亡75 000人，日軍方麵，110 000人戰死，7 400人受傷被俘。
展現在馬歇爾麵前的是一條鋪滿鮮血和屍體的通往東京的道路，每天要過目戰場上的陣亡將士名單，閱讀陣亡者家屬寫來的悲痛的信件。戰爭已經打了好幾年，厭戰的情緒已經開始蔓延，兵源已很感緊張，他必須謹慎從事，但看起來要使日本投降，還非得在日本本土登陸作戰不可，預計屆時戰鬥會更加激烈，傷亡將更加慘重。根據馬歇爾的保守估計，美軍傷亡將在1 000 000人左右。
1945年6月，馬歇爾開始鄭重考慮登陸日本的準備工作。6月18日，杜魯門與各位參謀長一起討論了進攻日本本土的問題。戰略計劃確定，1945年11月1日進攻九州，1946年春攻打本州，1946年底，對日作戰全麵結束。
馬歇爾想儘辦法來減少美軍的可能傷亡，他支持在中國維持一條積極的抗日戰線，以便拖住和吸引更多的日本軍隊。他希望前蘇聯在結束歐洲戰爭後，能在遠東加入對日作戰，在德黑蘭和雅爾塔，他支持羅斯福總統向前蘇聯領導人提出了這項要求。在歐洲戰爭中，他采取比較合作的態度，也是想取得前蘇聯領導人的信任，爭取前蘇軍在遠東與美軍合作。
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對於當時正在研製和試驗的原子彈，馬歇爾也給予了極大的關注，希望它能成為縮短戰爭、減少美國傷亡的手段。雖然對德戰爭已經結束，在德國境內使用不上原子彈了，但如果能趕在日本投降前試製出來，那對結束對日戰爭還是要發揮威力的。
美國對原子彈的研究起步較早，最初來自兩位傑出的匈牙利物理學家的倡導，他們都是在希特勒上台以後逃出德國實驗室的。來到美國以後，他們在紐約長島找到了阿爾伯特·愛因斯坦。他們希望能說服愛因斯坦向羅斯福總統提出警告，即德國已經在原子彈研究方麵取得很大進展，愛因斯坦同意在寫給羅斯福的一封信上簽署自己的名字。羅斯福同意采取實際行動，加強對原子彈領域的研究和利用。
但戰爭爆發兩年以後，這一行動進展緩慢，沒有整體的計劃，研究工作隻是在美國少數幾個大學裡進行。核科學家們雖然熱情高昂，但缺少經費，直到1941年夏，華盛頓的全國科學研究委員會才設立了一個專門研究“鈾”的機構，1941年底，才全麵投入政府力量。12月6日，宣布了一個全力以赴的計劃，但時間似乎已經偏晚。第二天，日本飛機就轟炸了珍珠港。
馬歇爾和史汀生是在珍珠港事件爆發之前兩個月才獲知有關原子彈的研究情況的。接著，原子彈的全部研製工作交由陸軍統管。馬歇爾選擇了西點軍校出身的工程技術人員萊斯裡·格羅夫斯將軍來負責，1942年夏末，“曼哈頓工程”被批準給予工作的“三A”權，即最最優先權。
為曼哈頓工程獲得資金，是一項麻煩透頂的事，陸軍的每項支出都是經過國會撥款的，沒有什麼需要隱瞞的。但原子彈的研究，在當時是一項極端秘密的工作，知道它的人越少，保密程度就會越高。很顯然，其費用的預算不可能先拿到眾議院撥款委員會去討論。1942～1943年的費用是從陸軍整個撥款中擠出來的，但1943年的費用就已高達5億美元，預計到1944年其費用每月就要1個億，這筆錢再也不能以“急需生產”為名塞進預算中去了。
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