FCS係統的飛行試驗將在帕特森河海軍航空試驗中心進行，將耗時1年時間至2006年4月結束，計劃完成60次飛行。新係統將在2006年第4季度開始裝機，隨後進入服役。新係統的主要優勢是在可靠性方麵。海軍航空兵係統指揮部發言人Denise Deon稱，現有飛控係統的MTBF不超過100小時，而新係統至少將達到700小時，係統可靠性提高7倍。
2004年7月，美海軍為EA-6B機隊定購了57套USQ-113(V)3通信乾擾係統，這些係統將在2006年9月30日前交付。AN\/USQ-113通信乾擾係統將為EA-6B提供通信分析和乾擾能力。此前，美海軍已經獲得了67套USQ-113係統。交付工作完成後，美海軍整個EA-6B機隊將全部裝備USQ-113通信乾擾機，包括那些用於訓練的飛機。USQ-113通信乾擾機將與“改進能力 Ⅲ”(ICAP Ⅲ)裝置集成到一起，與多任務先進戰術終端(MATT)和綜合數據調製解調器(IDM)連接起來，使所有機組人員都可以獲得來自這些係統的信息,從而更有效地融合所搜集的數據。ICAP Ⅲ裝置2003年中期進入低速試生產，2004年4月開始在中國湖的第9航空測試和評估中隊進行作戰評估，預計9月份完成。美海軍希望明年初接收第一批裝備ICAP Ⅲ裝置的EA-6B飛機。
Firing AGM-88. 發射AGM-88導彈。
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2005年4月，BAE係統公司最近獲得一項價值1710萬美元的補充合同，為美海軍EA-6B生產6台低波段(LBT)發射機。此項補充合同是2004年10月美海軍與BAE係統公司簽訂的現行合同的一個選項。低波段發射機將在BAE係統公司位於賓夕法尼亞州Lansdale的工廠生產。低波段發射機-天線群(LBT-A\/G)是雷達和通信乾擾機，通過乾擾敵軍雷達和通信信號為攻擊飛機、艦艇和地麵部隊提供保護，它是海軍戰術乾擾係統所使用的發射機\/天線群之一。
2005年10月，美國空軍中央司令部司令Buchanan在上周舉行的國防作家協會早餐會上表示，電子設備的擴散是駐伊美軍所麵臨的最大問題之一。電台和乾擾機之間缺乏協調經常造成係統間的頻率衝突。這是美軍首次關注電子誤傷問題。造成這個問題的部分原因是在伊拉克過度使用了用於保護美國海軍陸戰隊士兵的乾擾器和係統。例如，士兵們利用這些係統對抗簡易爆炸裝置（IED），但在這些係統工作時，電台卻無法使用。電子係統的擴散還影響了在伊拉克上空的飛行員。飛行員經常在雜音的乾擾下執行任務。電子乾擾也對無人機產生了影響，特別是通用原子公司的“捕食者”無人機。Buchanan指出，由於這些電子係統的存在，“捕食者”無人機的能力有時會降低一半，甚至失去聯係能力。諾斯羅普·格魯門公司的EA-6“徘徊者”和歐洲航空防務與航天公司（EADS）的EC-130飛機，由於工作範圍大也受到了上述的影響。美軍已經采取了補救措施，包括將天線放在110英尺（33.5米）高的位置以避免受到乾擾。美軍非常需要使EC-130、EA-6B與這些電子係統協同工作，但需要做的工作還很多。美國空軍正在努力開發一種電子戰協同單元（EWCC），該係統的開發是向實現係統協同邁出的關鍵步驟。由於能夠很好地解決電子乾擾問題，每個軍方指揮官都將使用EWCC係統。
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