軍左翼之後也向瓦爾格拉姆合圍。戰鬥異常激烈，奧軍的抵抗十分英勇。但是，當查理大公在下午4時獲悉其弟約翰的部隊離戰場還有10英裡遠時，他這才意識到其圍殲法軍的計劃已告失敗，同時感到即使把這場屠殺繼續下去也於事無補，遂命令部隊脫離戰鬥向北撤入摩拉維亞山區。
奧軍的撤退井然有序，僅丟下重傷員和一些被打壞的火炮。法軍精疲力竭無力追擊，拿破侖已經把所有預備隊都用光了。在近程炮戰中雙方都投入了四百門以上的大炮，因此傷亡慘重。法軍傷亡可能高達三萬餘人，奧軍也可能有二萬六千人。對於拿破侖而言，瓦格拉姆之戰雖不象弗裡德蘭之戰和奧斯特裡茨之戰那樣可稱之為壓倒性的勝利，但結果證明它同樣是決定性的。查理大公的軍隊在夜間以數路縱隊向北撤退。法軍於次日才不緊不慢地追擊。7月10日，馬塞納在茲諾伊莫追上奧軍後衛，兩軍交手，馬塞納取勝。此後，奧皇感到自己的軍隊不能再承受更大損失，遂於11日派列支敦士登親王向拿破侖請求休戰，拿破侖欣然同意。他遠離法國本土，況且從西班牙傳來的消息也不容樂觀。戰爭行動雖已告終，但經過了三個月的艱苦談判，雙方才於10月14日在肖恩布魯恩宮最後簽訂了和平條約。
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