最後，山本的屍體還是被一個陸軍搜尋隊發現了。
陸軍第17軍司令部及其所屬的部隊駐紮在布乾維爾島上。其中有一支“明9019”部隊，此即京師步兵第23聯隊。該聯隊的炮兵中隊（連）第一小隊（排）隊長浜砂盈榮，就是發現山本座機的陸軍搜尋隊的隊長。
他所帶領的部隊駐在布因以西約30公裡一個叫“阿庫”的土族部落一帶地區，正在修築從這裡通往特羅基納角的一條軍用公路。因為18日這天是星期天，浜砂的第一小隊並未施工。早晨，他們正坐在營區保養武器。快到8點的時候，突然數架戰鬥機從他們的頭上呼嘯而過，爆炸聲和機槍聲響成一片。驚慌中，他們站起身來向空中一看，原來是數架美國P～38戰鬥機和日本海軍的“零”式戰鬥機正在低空中追來逐去，進行著一場激烈的空戰。見勢，他們為日海軍戰鬥機加油：“打!狠狠地打!”這時，隻見遠處山上的密林中升起一.股黑煙，他們以為是被擊落的美國飛機。
幾個小時後，他們接到了口頭命令：我海軍要人的座機墜落了，令你們馬上組織搜尋隊前往搜尋。找到後，要立即向上彙報，說明飛機墜落地點的方位。
他當即從小隊挑選了一名軍官——久木軍曹和9名士兵組成搜尋隊，自己親自擔任隊長，帶上指南針，向密林深處進發了。他們徒勞了整整二天，就在掃興而歸的時候，隊裡的一個人突然興奮地說：
“隊長，這一帶好像有一股汽油味兒。”
這一句話，像是提醒了大家。於是，他們循著汽油味在不遠的前方發現了一個像土堤一樣的東西。走到跟前一看，原來是一架摔毀的“一”式陸基轟炸機的尾翼在豎著，還有被摔得破爛不堪的主翼和螺旋槳。粗大的機體在印有太陽旗處稍前一點的地方折斷了，從這裡到駕駛席的飛機前身部分，已經燒成灰燼。在機體的周圍，散落著數具屍體，有一個人坐在那裡。他身上穿著草綠色軍服，胸前佩帶著綬帶，手上戴著白色手套，左手緊握軍刀，右手搭在上麵，像是在輕輕地撫摩著，腰間係著機內坐席上的安全帶，像是悠閒地坐在林中養神一樣，隻是頭部略向前低垂著，看上去像是一位將軍。他們走近前去一看，原來已經死去。被甩出機外的數具遺體中，依然保持著原來在機內坐席上姿勢的，隻有這位將軍一人。
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這位將軍左手上的白手套的食指和中指，是用細線精細地縫合在一起的。他的肩上依然佩戴著象征軍階的肩章，上麵嵌有三顆金質櫻花。他顯然是一位大將，是左手隻有三個指頭的海軍大將。
看到這一情景，浜砂突然想起了他過去曾在報紙上讀到過的一篇報道。這篇報道中說：聯合艦隊司令長官山本五十六大將，早在日俄戰爭的時候，曾在一次作戰中負傷，失去了兩個手指頭。他獲得了第一號傷殘軍人徽章。想到這裡，浜砂很自然地意識到，這位海軍的要人就是山本。
他們從山本遺體的上衣小兜裡掏出一本裝潢很漂亮的筆記本來一看，上麵的署名果然是“山本五十六”。裡麵還抄有很多明治天皇和昭憲皇太後的詩歌。
飛行靴依然整齊地穿在山本的腳上，隻是帽子不知飄落到什麼地方去了。他微閉雙眼，留著花白平頭。
浜砂搜尋隊簡單地安置了山本等人的遺體，收拾了一下現場後，天已經快黑了。他們並不打算在這裡過夜，決定立即返回。飛機的殘骸、山本等人的遺體和大部分遺物，隻得留到第二天來處理。他們打算穿密林取原路返回阿庫，剛走出密林，突然發現有一小股精疲力儘的海軍在那裡休息。他們推斷：這很可能是布因基地的佐世保第6特射陸戰隊派出來的海軍搜尋隊。
海軍搜尋隊隊長為從他們這裡得知山本座機的下落而深感高興。他要求浜砂的隊員們不要返回阿庫，就地露宿，第二天一早帶他們到山本遇難的現場。就這樣；兩個搜尋隊在這裡胡亂湊合了一夜。第二天，即4月20日清晨，浜砂及其隊員們帶著海軍搜尋隊第二次進入密林。
幾乎就在同一時刻，渡邊參謀一行在密林的上空發現了聯絡人員在向他們示意：“山本的座機已經找到，遺體收容完畢。”
全部遺體被收容了起來，而摔毀的飛機被遺棄在現場。這架323號“一”式陸基轟炸機的殘骸，直到今天依然還躺在布乾維爾島的密林中。飛機上的編號已經模糊不清，螺旋槳上長滿了青苔，唯有上麵紅色太陽旗的印記還赫然存在。殘缺不全的機體被熱帶樹木遮蓋著，山本座機殘骸已經成為布乾維爾島的一處著名旅遊勝地。
20日下午4點，特意前來接迎的第15號掃雷艇的前甲板上搭起了臨時帳篷，11具遺體被並排停放在裡麵。在經莫依拉角返回布因的途中，渡邊和大久保軍醫大佐走進帳篷進行了驗屍。
他們發現山本的下頜和太陽穴有子彈穿過的痕跡。
山本手表的指針停在7點45分上。很明顯，山本是在飛機墜入密林之前在機內中彈身亡的。
在布因，第一基地部隊的軍醫長田淵少佐，又一次檢驗了山本的遺體，並正式寫出了遺體檢驗報告：
遺體檢驗報告：
一、姓名：山本五十六
日月年生出、二
將大軍海：階軍、三
死戰）等毒中、殺自、死病、死傷、死戰（：因原亡死、四
。內體在留，部背入進彈子愴機顆一另；角眼處眼右出頜下左入彈子槍機顆一：名病、傷、五
日8 1月4 年3 4 9 1：日月年病發、六
分04時7午上日81月4年3491：時日月年亡死、七
島群門羅所：點地亡死、八
明證此特，實屬上以
）印（郎三義淵田醫軍佐少軍海
日02月4年3491
