【第19章 滴！學生卡！】
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機房不大，四排電腦，滿打滿算也就四十來個機位。
周一傍晚這個時段人不多，稀稀拉拉坐了不到十個人，有的在敲代碼，有的在看論文，還有一個趴在桌上睡著了，呼嚕聲不大，但在安靜的機房裡格外明顯。
“滴！學生卡！”
林曉刷了卡，在靠牆的位置找了台空機坐下。
他把硬盤插上，打開昨天晚上在宿舍裡寫好的腳本文件，從頭開始過一遍。
GROMACS的安裝路徑、環境變量的設置、輸入文件的格式、拓撲文件的準備。
每一步都要確認無誤。
對一個沒接觸過這個領域的大一新生來說，上手難度不小。
GROMACS是分子動力學模擬領域的老大哥，功能強大，參數繁多，光mdp文件裡的參數就有上百個。
步長、溫度、壓力、積分算法、鄰居列表的更新頻率、長程靜電相互作用的處理方法、周期性邊界條件的設置。
每一個參數背後都有相應的理論支撐，選錯了輕則模擬跑不起來，重則跑出來的數據全是垃圾。
但他不能等到把所有理論都吃透了再開始動手。
時間不等人，他隻能邊學邊做，邊做邊改。
林曉深吸一口氣，打開了GROMACS的官方手冊。
一千多頁的英文文檔，密密麻麻的技術說明和命令行示例，看起來就讓人頭皮發麻。但他沒有跳，而是從“安裝與配置”那一章開始，逐節往下看。
軟件的基本架構、核心模塊的功能劃分、輸入輸出的文件格式、常見錯誤信息的含義和解決方案。
林曉忍不住看了一眼這個文檔進度條，拉到最後都要十幾秒。
這樣的話，就不能用正常讀書的方式來學習了，隻能“狩獵”了。
先找準自己需要的那部分信息，快速地捕獲、消化、轉化成本地可用的知識。
不需要全部記住，隻需要知道需要用的時候去哪裡查。
一個小時後。
林曉已經能夠順利用pdb2gmx命令生成拓撲文件了。
屏幕上滾過一大串綠色的“OK”，他表示結構文件生成成功。
林曉靠在椅背上，伸了個懶腰，嘴角不自覺地微微翹起。
小勝一場。
接著是構建模擬盒子、添加溶劑分子、中和體係淨電荷、能量最小化……
每一步都伴隨著新的問題和新的報錯。
“ERROR: No default for Bond with length……”
他複製報錯信息，去論壇裡搜，翻了好幾頁才找到一個跟自己情況類似的帖子。
下麵的回複說：檢查力場參數文件，看對應的鍵長參數有沒有缺失。
林曉按照提示，打開了力場文件夾裡的ffbonded.itp文件，在裡麵找到了報錯信息裡提到的那幾個原子類型。
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參數確實存在，但格式不對，少了一個關鍵的字段。
他手動修改了格式，重新運行。
這次沒有報錯。
一步一步地往前拱，像是推著一塊大石頭上山。
每一小步的推進都伴隨著大量的查資料和試錯，但每次報錯消失的那一瞬間，都能帶來一種微妙的成就感。
不知不覺，機房裡的光線暗了下來。
電腦屏幕的白光在林曉臉上投下冷色的光，他的手指在鍵盤上劈裡啪啦地敲著，眼睛盯著屏幕上的命令行輸出，整個人沉浸在那個由原子坐標和力場參數構成的虛擬世界裡。
“28號機。”
一個聲音從身後傳來，打破了機房的安靜。
林曉愣了一下，回過頭，看見一個穿著深藍色工作服的中年男人正站在門口。
是值班的機房老師，四十來歲，戴著一副厚厚的眼鏡，手裡拿著一個保溫杯，正往他這邊看。
“注意保存，馬上關機了。”
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