夏季，四月初八，光武帝抵達長安，拜謁漢朝曆代皇帝的園陵。他派耿弇、蓋延等七位將軍取道隴地討伐蜀地，先派中郎將來歙帶著璽書去見隗囂，向他說明旨意。
隗囂又多方設疑，遲遲猶豫不決。來歙於是憤怒地責備隗囂說：“朝廷因您知曉善惡、明白興衰，才用親筆信向您表明心意。您表達了忠誠，已經派兒子隗恂入朝做人質，如今反而聽信奸佞迷惑的話，做出會導致宗族滅亡的事嗎？”說著就想上前刺殺隗囂。
隗囂急忙起身躲進內室，部署士兵要殺來歙，來歙卻從容地手持符節，登車離去。隗囂派牛邯率軍包圍看守來歙，他的部將王遵勸諫說：“來歙雖然獨自出使遠方，但他是陛下的表兄，殺了他對漢朝沒有損害，我們卻會因此招致宗族滅亡的大禍。從前宋國扣押楚國的使者，結果引發了易子而食、析骸以爨的慘禍，小國尚且不能隨意侮辱大國使者，何況是萬乘之君的使者，更何況還有隗恂的性命在漢朝手中！”
來歙為人守信用，言行一致，往返遊說期間，所說的話都有據可查，西州的士大夫都信任敬重他，紛紛為他求情，來歙因此得以脫身，返回洛陽。
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五月二十一日，光武帝從長安回到洛陽皇宮。
隗囂於是起兵反叛，派王元占據隴坻，砍伐樹木堵塞道路。漢軍眾將率軍與隗囂交戰，大敗，各自率軍撤退下隴山。隗囂率軍緊緊追擊，馬武挑選精銳騎兵斷後，斬殺數千名追兵，漢軍眾將才得以順利撤退。
六月二十四日，光武帝下詔說：“設置官吏，是為了百姓。如今百姓遭受戰亂，人口減少，但郡縣設置的官吏，仍然過多。令司隸校尉、各州牧分別核查所轄地區，裁減官吏人數，轄區狹小的縣和封國，不足以設置長官的，予以合並。”此次共合並裁減了四百多個縣，官吏的職位也大幅削減，隻保留原來的十分之一。
九月三十日，出現日食。執金吾朱浮上疏說：“從前堯、舜的盛世，對官吏還有三年考核一次的製度；大漢興起後，也注重官吏的功績，官吏大多長期任職，甚至子孫相繼。當時的官吏，豈能個個都稱職，議論的人難道不會有怨言嗎？大概是因為天地間的功業不能急於求成，艱難的事業需要日積月累。
而近來地方官頻繁更換，新官接替舊官，官吏在路上奔波勞碌。新任官員任職時間太短，還沒來得及展現政績，就受到嚴苛的督查，人人自危，迫於被彈劾、被指責的壓力，隻好爭相弄虛作假，博取虛名，這正是導致日月運行失常的應驗。
事物突然生長，必定會夭折；功業倉促完成，必定會衰敗。如果毀掉長久積累的基業，追求速成的功勞，這不是陛下的福氣。希望陛下著眼於長遠，期待一代之後天下大治，那麼天下百姓就太幸運了！”光武帝采納了朱浮的建議，從此州牧、郡守的更換次數大幅減少。
十二月二十七日，大司空宋弘被免官。
十二月二十八日，光武帝下詔說：“近來戰亂未平，朝廷財用不足，所以征收十分之一的田稅。如今糧食儲備略有積存，令各郡、封國恢複三十稅一的舊製，征收田租。”
漢軍眾將撤退下隴山後，光武帝下詔令耿弇駐軍漆縣，馮異駐軍栒邑，祭遵駐軍汧縣，吳漢等人率軍返回長安駐守。馮異率軍尚未抵達栒邑，隗囂乘勝派王元、行巡率領兩萬多人下隴山，分派行巡攻取栒邑。
馮異立即率軍疾馳，想搶先占據栒邑，眾將說：“敵軍士氣正盛，又乘勝而來，我們不能和他們正麵交鋒，應該在便利的地方駐軍，慢慢謀劃對策。”馮異說：“敵軍逼近邊境，貪圖小利，想深入我境；如果讓他們占據栒邑，三輔地區就會人心動搖。進攻的一方實力不足，防守的一方卻有餘裕，如今我們先占據城池，以逸待勞，並非和他們正麵爭鋒。”
馮異率軍暗中抵達栒邑，關閉城門，偃旗息鼓。行巡不知底細，率軍疾馳趕赴栒邑，馮異趁其不備，突然擊鼓、舉旗，率軍出擊。行巡的軍隊驚慌失措，四散奔逃，馮異率軍追擊，大敗敵軍。祭遵也在汧縣擊敗王元的軍隊。
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