並沒有持續太久。二月初十日，都元帥張晚率領的官軍擊潰了李適的叛軍。李適父子及韓明璉等在逃亡途中被部下所殺。二月十八日，仁祖從公州返回漢城，重新掌控了局勢。
李適之亂平息後不久，宗主國明朝方麵也傳來了對仁祖的利好消息。仁祖在政變後立即派李慶全出使明朝，通報政變之事，並請求明朝皇帝冊封他為朝鮮國王。然而，明朝最初認定其為篡位， 延遲 不予冊封。在朝鮮使臣的懇求和駐紮朝鮮境內椵島（皮島）的明將毛文龍的幫助下，明朝從“聯鮮製奴”的戰略考慮出發，決定批準仁祖的冊封。天啟四年（1624年）四月二十日，仁祖從歸國使臣那裡獲得了明熹宗的準封聖旨，翌年六月初三日，由明朝使臣太監王敏政、胡良輔主持冊封典禮，仁祖在國內的合法性得以確固。
儘管如此，仁祖治下的形勢並不強於光海君時期。百姓生活並未明顯改善，失望情緒在朝鮮社會不斷蔓延。光海君時期權貴所掠奪的土地，仁祖不但不歸還原主，反而聽任政變功臣據為己有，人們嘆息：“隻是變了下主人而已啊！”諷刺仁祖及政變功臣的歌謠也開始出現，如“嗟爾勛臣，毋庸自誇，爰處其室，乃占其田，且乘其馬，又行其事，爾與其人，顧何異哉？”“孰謂清時？今亦昏時。昔在昏時，爵人以賄。今在清時，爵人以私。”
四、兩次胡亂
仁祖即位之前，後金已經攻陷了明朝的遼東，並對遼西虎視眈眈。明將毛文龍轉進朝鮮境內的椵島（皮島），對後金後方構成了威脅。仁祖政變之際，仁祖政權斥責光海君忘恩背德，私通後金，並標榜要同明朝“協力討虜”。但實際上，仁祖採取了對後金的不刺激政策，維持了幾年的和平局麵。然而，皇太極成為後金的新任汗後，情況發生了變化。皇太極一直是對朝強硬論者，加之繼位後內部不穩，又發生飢荒，需要通過對外戰爭來轉移和緩解矛盾。
天啟七年（1627年）正月，皇太極派其堂兄二貝勒阿敏率軍進攻朝鮮，同時將明將毛文龍列為進攻目標，史稱“丁卯胡亂”。後金軍無法渡海攻擊毛文龍在島上的據點，但迅速攻陷了毛文龍在陸上的鐵山據點。對朝鮮的攻勢更是勢如破竹，從義州、安州、平壤一直打到黃海道的平山。仁祖率仁穆大妃和群臣避難於江華島，同時命昭顯世子分朝於全州。後金軍的目的並非佔領朝鮮全境，而是迫使朝鮮屈服。雙方在短暫交戰後展開外交交涉，三月初三在江華島達成盟約，雙方結為兄弟之國，阿敏撤軍時又擅自在平壤與朝鮮人質原昌君李玖另立一約，規定朝鮮向後金輸歲幣。不久，後金又要求朝鮮 開 市 中江，與之貿易，朝鮮被迫一一答應。
然而，朝鮮與後金之間的關係並未因此緩和。朝鮮給後金輸送的“歲幣”質量低劣，被皇太極退回；朝鮮答應會寧開市，卻遲遲不兌現；朝鮮放任越境采參和狩獵，以及在後金逃人問題上的爭端，使得兩國關係進一步惡化。更重要的是，朝鮮在明金之間的曖昧關係，一麵稱臣明朝，一麵與明的敵國後金修好，這種雙重立場註定不能持久。
崇禎八年（1635年），皇太極征服蒙古察哈爾部，以獲得傳國璽為借口欲稱皇帝，朝鮮自然不肯就範。崇禎九年（1636年）二月，皇太極派龍骨大（英俄爾岱）、馬夫大（馬福塔）及數十名蒙古人來朝鮮，借春信、弔祭（仁烈王後之喪）為名，勸朝鮮請皇太極進帝號，仁祖君臣對此反應強烈，堅決拒絕。三月初一日，仁祖曉諭朝鮮八道，痛斥後金“僭號”企圖，命令官民做好抵抗後金的準備。同年四月十一日，皇太極在盛京即皇帝位，改國號為大清，朝鮮春信使羅德憲、回答使李廓雖被迫參加賀禮，但拒絕三跪九叩，被皇太極遣返回國，清朝與朝鮮的緊張關係驟然升級。
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在隨後的幾個月裡，朝鮮分化為金尚憲為首的斥和派與崔鳴吉為首的主和派，斥和派占朝鮮士大夫的絕大多數，但仁祖內心偏向主和派。十月，仁祖向清朝派遣譯官送去國書，委婉表達懇求和談之意，卻遭到皇太極拒絕，戰爭遂不可避免。仁祖一麵命令平安道等地修繕城堡，防備入侵；一麵強化對明關係，將斥絕後金之舉轉谘皮島，得到明崇禎帝的“獎敕”，並派金堉以冬至使出使明朝，請求明廷提供硝石、硫磺。
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